客观地说，我国为促进高技术产业发展出台的很多税收优惠政策，对促进企业特别是外资企业和民营企业的科技创新，推动高科技产业化，发挥了一定的积极作用。但总体来说，现行的税收政策设计没有很好地针对高新技术产业发展中面临的主要问题和困难，因而难以取得最佳的政策效果。

（一）增值税加重了高技术企业发展的负担。我国目前实行的是以流转税和所得税为主体的双主体税制结构模式，其中流转税收入处于绝对优势。但在流转税的具体设计中，并没有考虑高技术产业的一些特点，加重了高技术产业发展的负担。这主要因为我国目前实行的是生产型增值税，高技术产业比一般加工产业资本有机构成高，而固定资产所含税款不能抵扣，高技术企业负担也相对重一些，而且生产型增值税也不利于高新技术企业适时进行设备更新改造，妨碍企业技术装备进步。更重要的是在一定程度上形成了对高新技术产品的重复征税。高新技术产品出口时，不能实现彻底退税，从而削弱了我国高新技术产品的国际竞争能力。此外，与其它产业相比，高技术产业无形资产和开发过程中的智力投入往往占产品成本的绝大部分，但这些投入并不能抵扣，这也容易挫伤企业技术创新的积极性。

（二）高技术产业的企业所得税优惠存在着功能缺陷。我国企业所得税对内外资企业执行了不同的税率，外资企业所得税税率为15%，内资企业所得税税率为33%，内资企业所得税税负重于外资企业。具体到高技术产业，内外资企业也存在着不平等现象，如生产型外资企业自盈利之日起，两年免征企业所得税，后3年减半征收企业所得税；购买国产设备投资，还可以抵免企业所得税。但新办内资高科技企业自投产之日起，只能2年内减免企业所得税。事实上，很多高科技企业很难真正享受到这一优惠，因为高科技项目从研究开发到批量生产，再到开辟市场，周期一般较长，大多要超过2年。此外，我国执行的区域性税收优惠政策也存在着一定的功能缺陷。具体表现在高新技术产业开发区、经济技术开发区和经济特区，区内企业和区外企业科技税收优惠政策不一样，弊病越来越明显。在区内有些并不是高新技术企业，也享受所得税的税收优惠，而某些区外的高技术企业却享受不到优惠政策支持。国家科技税收优惠政策规范性差，同样是国务院批准设立的高新技术产业开发区，各地确定的具体优惠办法和措施千差万别，政策规定既散且乱。

（三）税收优惠不能充分发挥效果。现行科技税收优惠政策缺乏针对性，优惠政策重点不明确，重产品，轻投入，重成果，轻转化的现象较为严重。

首先，税收优惠方式选择不科学。我国现行的科技税收优惠主要手段是税收直接减免，优惠方式单一。税收直接减免虽然有操作简便、易为征纳双方把握等优点，但其缺点也是明显的：一是税收直接减免只能在一段时期内使用，因而，对于高技术产业发展中持续的创新行为缺乏有效的激励；二是税收直接减免一般在高新技术企业成立初期使用，而该阶段高新技术企业很难或很少获利，优惠政策难以给企业

带来实际利益；三是税收直接减免，属于投资后的鼓励，引导企业的作用不显著，且容易导致税收流失。

其次，税收优惠对象针对性不强。以企业为主而不是以具体的项目为对象，一方面使得一些企业的非技术性收入也享受了优惠待遇，造成税收优惠泛滥；另一方面使得一些经济主体的有利于技术进步的项目或行为难以享受税收优惠，造成政策缺位，最终降低了税收优惠政策的效果。此外，以企业为优惠对象还导致许多企业不是在科技创新上下功夫，而是在“新产品”、“高科技企业”、“先进企业”等认定方面下功夫，钻政策的空子。

第三，优惠力度偏小。特别是在鼓励企业加大科技投入，促进企业科技创新和高科技产业方面支持力度不够。例如，我国为了鼓励企业加强研究开发活动，允许企业研究开发费用按150%的比例扣除，但其适用范围仅限于研究开发费用比上年实际增长10%以上的盈利企业，且其50%的超额扣除限制为不应超过其应税所得额。为鼓励企业加大科技投入，规定研究开发费用的增长幅度是必要的，这也符合多数国家的做法，但优惠只限于盈利在一定规模的企业，大大缩小了优惠范围。

（四）高技术产业发展中需要税收政策扶持的领域还存在着一定的政策真空。高新技术产业发展的特点是高投入、高风险、高收益，但现行税收政策在设计上却忽略了其风险性。事实上高新技术企业在创新过程中，面临着巨大的市场风险、开发风险和技术流失风险等，而当前我国的税收政策只是对企业技术开发的新产品所带来的利润予以一定的税收减免，对企业用于科研开发的投资以及开发过程中可能的失败，在税收上没有给予更多的考虑。此外，我国现阶段还没有形成卓有成效的风险投资机制，而置也缺乏鼓励科技风险投资的税收政策，针对创业投资或风险投资没有专门的税收优惠，对其只是采用通行的高技术企业优惠政策。

我国目前实行的税制至今已有十年的历史，宏观经济环境发生了很大变化，“十一五”时期的整体税制将发生较大的变化，同时，促进高技术产业发展的税收政策与WTO相关条款不相适应的内容也须作相应的调整。所以，在新时期如何建立和完善符合WTO规则的税制非常重要。

（一）颁布特别法案，规范科技税收立法。我国现有的科技税收政策都是通过对一些基本税收法规的某些条款进行修订、补充形成的，散见于各类税收单行法规或税收文件中，而且很多的优惠政策缺乏长期稳定性。为此，根据我国实际情况，国家应制定《国家高技术产业发展法》，从总体上考虑高技术产业发展战略以及相关的财税政策，制定专门的《财政鼓励高新技术产业发展条例》、《税收鼓励高新技术产业发展条例》，其主要内容应包括：研究和判定予以鼓励的高新技术及其产业标准：明确财税优惠政策的目标和具体受益对象以及相应的政策支持方式；建立税式支出预算，加强对高技术企业税收优惠的管理与评效。

（二）在高技术产业进行增值税转型。在东北地区实行增值税转型的同时考虑在高技术产业也试行生产型增值税向消费型增值税的转型。在增值税的抵扣中，不仅对一般意义上购置的固定资产支出进行抵扣，而且还应充分考虑高技术研究投入巨大而原材料消耗少的行业特点，同时允许抵扣外购的专利权和非专利技术等无形资产和技术设备的固定资产进项税金。这样，有利于减轻企业税收负担，促进企业加大科技研究与开发投入。

（三）完善所得税优惠政策，鼓励多种经济实体加大科技研究与开发投入。根据高技术产业发展的特点和需要，改变对不同高技术企业给予不同优惠的行为，有针对性地选取关键环节（项目或行为）给予较大幅度优惠。

一是统一内外资企业所得税，实行国民待遇原则。对从事科技研究与开发的企业给予的所得税优惠政策，既不按所有制形式也不按企业的经营状况来确定优惠标准。不论内、外资企业，也不论新、老企业，不论国有、集体、民营企业，不论企业是否盈利，对符合高新技术企业条件的各类企业的研究与开发费用，在初始年度均可实行据实税前列支。

二是鼓励企业对科技投入的长期稳定增长。应按最近几年的平均数来计算增长基数，只要5年的平均投入比为每年增长10%以上，均可按150%的比例扣除，未扣除的比例留待下年接转，接转不超过5年。

三是加速折旧优惠。明确规定用于研究开发活动的新设备、新工具可实行双倍余额递减法或年数总和法等加速折旧办法；还可考虑对技术先进的环保设备、国产软件的购置和风险资本的投资实行“期初扣除”的折旧方式，允许在投资当年就扣除50%-100%。这样，一方面有助于提高投资回收速度，另一方面有助于高新技术产品的市场形成。

四是适时提高高技术企业计税工资的标准。从全国收入水平的现状看，高技术企业由于员工的文化水平和素质都较高，员工工资普遍偏高。但我国税法规定的计税工资标准过低，实际上造成了高科技企业虚增应纳税所得额，增加了企业税收负担。所以，应允许高新技术企业工资按实列支。

（四）建立鼓励风险投资的税收优惠政策体系。高风险是制约企业扩大科技投资的一个重要因素，应从税收角度制定一些优惠政策鼓励风险投资的发展。

一是直接对高技术产业发展过程中存在的风险因素给予考虑。建立科技开发准备金制度并允许费用列支，允许企业特别是有科技发展前景的中小企业，按其销售收入一定比例提取科技开发基金，以弥补科技开发可能造成的损失，并规定准备金必须在规定时间内用于研究开发、技术更新和技术培训等方面，对逾期不用或挪作他用的，应补缴税款并加罚滞纳金。

二是制定有关风险投资的税收倾斜政策，鼓励风险投资机制的建立。一方面，对风险投资公司投资高新技术企业的风险投资收入免征营业税，并对其长期实行较低的所得税率；另一方面，对法人投资于风险投资公司获得的利润减半征收企业所得税，对居民投资于风险投资公司获得的收入免征或减征个人所得税；对企业投资高新技术获得利润再用于高新技术投资的，不论其经济性质如何，均退还其用于投资部分利润所对应的企业所得税。

（五）为高技术发展所需人力资本提供支持。高技术产业的发展说到底就是人才与技术的竞争。因此，税收政策应推动包括学校教育、成人教育和员工培训等多种形式的教育的发展。制定鼓励民间办学、社会捐资办学的税收政策，对社会各界向教育培训机构和科研机构的捐赠准许不受最高捐赠限额限制。提高职工教育经费提取比例，鼓励企业加大教育培训。此外，优惠政策适度向个人倾斜，重点是完善高新技术企业人员的个人所得税政策，进一步修订个人所得税政策，在基础扣除里，充分考虑现代家庭对教育的投入因素、科技人员科技成果转化的积极性等，鼓励个人加大对教育的投资和多途径进行科技成果转化。