从90年代初期以来，事业单位进行了一系列的改革，主要是通过鼓励事业单位创收节支来调动事业单位的人力、资产发挥优势，创收增收，减少财政补贴，促使一部分事业单位由全额拨款改为差额拨款单位，由差额拨款改为自收自支单位，有一部分事业单位实行了企业化管理，走向了市场，但是，大部分事业单位改革的力度并不大，造成人才的浪费，资产的闲置，财政负担过重，事业单位改革势在必行。

针对事业单位管理体制存在的问题，按照市场经济发展的客观要求，改革的总体思路是，把事业单位改革作为整个政府机构改革的重要组成部分，重新界定事业单位的职能，把政府职能从事业单位收回，重新界定事业单位的性质，属政府序列的归政府，属企业的转为企业，彻底转变“政事不分”的状况。同时制定相应的配套措施，妥善安置好职工，按层次、按系统、按经营分步骤地搞好剥离，使事业单位逐步走向市场。主要措施是：

对经营性、服务性、社会中介机构、培训中心和科研（设计）院所等进行整体改制。对这类事业单位的改制，国有资产能够退出的要全部退出，不能退出的要逐步退出。鼓励和支持个人、民营、社会资金和其它资金采取多种形式参与事业单位的改革改制。对改制的事业单位实行股份制、公司制和进行民营改造或组建国有资本运营机构，按照《公司法》和建立现代企业制度的要求，建立企业法人治理结构，真正成为“自主经营、自负盈亏、自我约束、自我发展”的法人实体和市场竞争主体。

对不便于整体出售的事业单位，采取投资主体多元化、经济成份多样化、运行机制市场化的方式进行公司制改造，鼓励非国有经济参与事业单位的改革改制。运作时可以根据事业单位的不同情况采取“增量吸股”、“存量增股”、“租股结构”以及“先售后股”等方式和途径，切实把事业单位占有的国有资产盘活，激发事业单位改革发展的活力，逐步将其推向市场。

对那些性质相同、任务相近的事业单位进行撤转并改，组建相应的集团，打造联合舰队，实行公司制改造，逐步将国有资本退出。如以广播电视局有线广播电视传输网络为基础可组建广电网络有限公司。报社可组建报业集团。政府办公厅所属的各宾馆、招待所进行资产重组，可组建国有资产运营公司。对资产数额较大、管理基础较好的教育、卫生部门实行委托监管。以后根据情况逐步对经营性较强的事业单位进行资产重组，改制组建国有资产运营公司。

对隶属于政府的政策性投资公司进行授权经营。政府所属的投资公司都具有政策性投资职能，在各自的投资领域内发挥了较大作用，目前，已具备一定的资本运营能力。因此，凡是提出申请，具备条件的这类投资公司，可对其进行国有资产授权经营，逐步成为国有资产运营机构，走企业化、市场化运营的路子。

对于实行财政补助的事业单位，除公益性的事业单位如实施义务教育的中小学、党校、团校、妇幼保健院、福利院、孤儿院、标准计量所等，以及准公益性事业单位如普通高校、职业中专、各类艺术表演团体、社会公益研究机构、技术监督站、质量监测站等，要大力支持和鼓励创收、积极为他们创造条件和优化环境，尽快走向市场。

在事业单位改制中，要鼓励和支持个人、民营和其他资本参与事业单位的改制，对国有产权转让价格应以资产评估值为依据，购买时确有困难的，可经国资部门核准后按评估价给予下浮的优惠；对事业单位难以整体改制或整体出售的，可将单位资产进行分拆出售，既可采取实物形态分块出售，也可采取价值形态分股出售；事业单位改制后，已经批准的基本建设项目按原渠道、原计划实施，对新上项目，按照国家有关规定继续给予支持；可以按照国家规定标准用原单位国有资产支付，也可将事业单位资产向社会法人、企业法人以外的自然人或内部职工集体、单位法人先出租后出售，在双方协议约定时间内对租赁的国有资产实施买断。

对供水、供电、供气、公交集团公司等，全部实施国有资产授权经营，既能保证国有资本出资人到位，实现国有资产的合理流动与保值增值，又有利于形成公用事业投资主体多元化、运营市场化、发展产业化的格局，拓宽融资渠道，理顺投融资体制，减轻政府对基础设施建设投入的压力与企业对政府投入的依赖性。