2001年，重庆市涪陵区按照“一年起步，二年推进，逐年过渡，不断完善”的总体设想，选择了有一定代表性的农业局、体委、保健院、水电学校、体改委、检察院等6个部门进行部门预算改革试点，2002年在区级180个行政事业单位全面试行，并被财政部纳入部门预算改革试点区（县），2003年区级行政事业单位全面规范化推行。部门预算改革以来，初步建立了编制、执行、监督相互分离、相互制约的预算管理新模式，提高了公共资源配置效率和财政资金使用效益。

但从涪陵区的实践看，部门预算改革中还存在一些难题。

1.科学合理的公用经费定额难以确定。一是职能经费量化的不确定性。因缺乏一个科学的衡量标准，各预算单位履行职能职责到底需要多少经费才算合理，实际操作较为困难，目前采用的历史经验判断方法，存在明显的缺陷。二是公用资源占有的非均衡性。由于历史的原因，预算单位对公用资源的占有不均衡，配置标准不统一。三是财力保障水平的非稳定性。制定公用经费定额标准，取决一个地方的财力保障水平，而财力状况和支出水平随经济发展不断变化，保障能力的动态性，决定了公用经费定额标准要适时修订，而公用经费定额标准构成较为复杂，需有相对的稳定性，即使修订，有一个较长的时间过程，容易导致公用经费定额标准与实际支出水平出现偏差。

2.切实有效的绩效评价机制难以形成。与传统的“追踪问效”相比，绩效评价涉及的内容更为宽泛，但在实际推进过程中，困难重重。一是绩效评价指标难以确定。项目支出是部门预算绩效评价的重点，而项目支出涉及内容名目繁多，预算额度大小不一。一方面，标准如何确定近期内还有一定难度；另一方面，建立标准指标体系工作量特别大，涪陵区2006年部门预算中的项目有731个，如果都要进行绩效评价，现有人力条件无法完成。二是社会效益的评价标准很难把握，要得到社会公众的广泛认同还有若干技术问题需要解决。三是绩效评价还涉及成本问题。许多项目支出的绩效评价，单靠财政部门是难以完成的，有的需要权威机构或专家的参与才能实现，如果花费的成本太高，在财力本身就较紧张的情况下增加新的支出无法保证。

3.合理有序的项目支出安排难以核定。项目支出预算管理的常规做法是通过建立项目备选库，对项目支出进行评估，按“轻重缓急”，视财力可能统筹安排，并采取“二上二下”的程序规范运作。实际操作中，预算单位常把办公设备、车辆购置等一次性项目排在前面，有意留下支出硬缺口，把一些政策性和工作性项目留下，期待执行中追加。同时，由于现阶段尚未建立绩效预算机制，财政部门在具体项目支出的额度核定上，缺乏科学的决策依据，自由裁量权较大。如何处理利益相关主体之间的关系，实现项目支出预算编制的科学有序，成为部门预算改革亟待解决的难题。

4.严谨有效的预算执行控制机制难以建立。尽管通过多年的部门预算改革，涪陵从收支的各个细节入手，不断提高预算的准确性，但部门预算执行情况调查显示出，基本支出与项目支出内部约有20%的调整幅度多年来几乎没能降低。如果单方面强调预算调整的规范性，规定所有调整均须财政部门审批，势必造成大量低效的劳动，乃至影响预算单位工作的如期开展。如果赋予预算单位支出项目自行调剂权，又容易出现随意调整，进而带来预算失控的后果。如何既强化预算的严肃性，又保持一定的灵活度，还需要进一步探索。

5.收支预算对接难以操作。实际工作中，财政部门对不同资金实行不同的管理办法，突出对财政性资金的指标控制，为了适应这一管理的需要，从中央到地方均要求部门预算编制不仅要做到综合平衡，还必须保持预算内、预算外以及其他资金在收支上的独立平衡。这种过分强调资金的独立平衡存在许多弊端，从预算单位来看，虽然能够明确支出去向，但无法严格区分资金来源。从财政部门来看，面对数量众多、管理形式不一的预算单位，很难科学合理的确定支出来源渠道，同时，过分强调资金各自的封闭运行，削弱了财政的统筹能力。预算单位的收入来自多个渠道，要想将每一项收入明细到经济科目的支出与资金来源一一对应，事实上非常困难。同类性质的单位，由于创收条件和能力不同，安排的财政拨款数额和方向就会不同，有的公用经费是财政安排的，有的是事业收入安排的，有的可能是预算外收入安排的，具体情况比较复杂。

对这些难点问题，立足涪陵的实际，部门预算改革需从以下几个方面实现突破。

1.参照历史水平，确定公用定额。预算单位职能职责上的差异性导致公用经费定额也没有统一性。现行的分类分档定额标准，不仅缺乏科学的依据，而且实际执行结果与预算有较大的偏差。按照“尊重历史、挤干水分、修正系数、强化约束”的思路，实行“一个单位一个定额”，不失为当前改革的明智之举。首先，根据单位前3年的实际开支水平，剔除一次性偶然因素后，取其平均值作为制定公用经费定额的基础数据。其次，将总定额分解为若干分定额，在同类型单位之间进行对比分析，剔除因违规开支、管理不严等因素形成的部分支出。再次，根据单位之间资源占有、人员规模的差异性等特点以及当地经济社会发展的总体要求进行系数修正，以确保定额更加与实际吻合，体现合理性，为强化定额的约束力创造条件。当然，上述办法只是权宜之计，科学合理确定公用经费定额的治本之策在于着手根本性的制度建设。应通过健全支出管理制度，理顺公用支出和项目支出的列报渠道，进一步规范支出行为，适时完善一系列与本地区经济水平相衔接、财力现状相适应的开支标准，约束支出行为。

2.正视财力现状，明晰改革路径。彻底打破原有利益格局，运用科学合理的编制方法，最大限度地体现公共资源的配置效益，在受各种因素制约的改革初期显然有一定难度，采用“存量细化，增量调节”的改革形式，是被实践证明与现阶段相吻合的深化部门预算改革的有效途径。在目前预算单位经费安排普遍不足的情况下，改革的着力点在于将存量进行科学的细分，打足人头费，填实运转费，所剩余额再按轻重缓急核定项目支出。财力增量突出重点，参照本地区人均综合财力最低保障标准，结合公共财政框架建设的要求，对低于标准的差额部分进行填补，对符合公共财政支出方向的项目重点倾斜。这样，由于保证了既得利益，减小了阻力，能使改革得以平稳推进；由于强调了对存量的细化，提高了预算编制的准确性，能使改革深入进行；由于突出了增量的调整方向，避免了预算编制的盲目性，能使改革有效开展。通过循序推进，逐年完善，支出结构定将得到不断优化，改革必将收到良好的效果。

3.完善编制程序，建立考评机制。改传统的“二上二下”预算编制程序为“三下二上”，即在原先“二上二下”之前增“一下”，由财政部门对下年的经济形势进行预测，结合国家和当地的长期发展计划，对下年财政形势进行分析，提出下年的政府预算编制总框架，使部门预算编制更加符合政府的宏观经济发展要求，少走弯路，提高效率。当前，实施绩效预算和对项目支出全面考评的条件尚不具备，唯有立足现实，完善现有绩效考评办法，突出考评重点，注重考评实效。一般项目立足专款专用，重点项目体现综合效益，建立健全专业考评与综合考评相结合、社会效益考评与经济效益考评相统一的绩效评价体系。目前，可以通过定员、定额标准细化部门预算改革，制订一系列的绩效指标，通过权责发生制对部门控制、使用政府资源的状况进行考核，强化部门的责任。

4.修订法律法规，合理调整项目。国家应加快推进政府预算管理立法的修订和完善，为依法理财提供法律法规保障，诸如修订《预算法》，解决制约改革的瓶颈性障碍，主要就部门预算的审批时间、收支范围、预算级次等方面进行完善补充，进一步突出预算“主法”的指导作用；推进“费改税”，突出收入预算的刚性，增强部门预算的稳定性；修订相关立法中关于“法定增长”的硬性规定，增强部门预算的统筹调控能力；完善各类法规和规章制度，重点对行政事业单位财务规则、预算会计制度、国家金库条例等予以完善。在预算执行中，对预算具体内容严格的事前控制应该与管理自由度的灵活性紧密结合起来。允许预算单位在一定幅度内行使自行调整权，并报财政部门备案；超出一定幅度的项目调整，财政部门要制定专门的审批办法，加以规范，财力较好的地区，可按一定的比例设立“预留经费”，用以解决临时性工作的经费需要。