目前财政对政府举办的非营利性医疗机构的资金补偿来源渠道主要为财政投入、医疗收费和药品经营收入。随着市场经济体制的进一步完善和医疗体制改革的推进，财政对医疗机构的补偿机制已严重滞后于医疗卫生事业的发展。突出表现在，一方面由于政府举办的医疗机构太多，规模较大，财政投入资金不能满足医疗机构的资金需求，另一方面财政资金的使用效率较低，卫生主管部门往往将财政资金平均下达各医疗单位，一些经营不善的医疗机构靠财政资金补助可以维持生存，而需要重点支持的医疗机构则缺少应有的财力支持。再加上长期以来实行的低成本收费标准，医疗收费价格严重偏低。补偿机制的不健全直接造成医疗机构行为的扭曲，为了生存，医疗机构大都采取提高药品价格和增加高新仪器检查项目来获取自我补偿，给政府、企业、个人和社会都带来了沉重的负担。

随着医疗卫生体制改革的推进，财政部门应合理运用财政经济调控手段，完善对政府举办的非营利性医疗机构的财政补偿机制，以规范医疗机构行为，引导医疗卫生事业健康发展。为此，财政部门应首先支持解决好以下几个问题：

一是切实做好区域卫生规划，支持医疗机构的资源整合和兼并，形成医疗机构有序竞争的良好局面。切实做好区域卫生规划，根据本区域的经济发展水平、医疗卫生需求和卫生资源状况来合理确定区域内医疗资源的布局、配置总量和配置标准。实施卫生全行业管理，打破条块分割，促进卫生资源的合理流动，优化卫生投入的分配比例，充分利用现有卫生资源，解决卫生资源的盲目配置、重复购置和低效率配置问题。对于医疗机构分布不均衡，尤其是城区医疗资源过剩，三级医疗机构人力资源过剩、设施相对不足，一、二级医疗机构人力资源不足、设施相对过剩的状况，财政部门要积极支持推进单一法人、紧密联合的医院集团的创立，支持具有技术、质量、服务、价格和管理优势的医疗机构之间实行强强联合，可横向扩展到有关专科医院，纵向延伸到相应下级医疗机构组建医院集团，建立内部双向转诊制度，促进资源共享和优势互补，降低运行成本，增强其在医疗市场的综合竞争力，改变大医院承担了大量常见病、多发病的诊治工作，基层医院卫生资源闲置，得不到有效利用的不良现象，真正形成大病在大医院、小病在社区的就医体制，从而提高卫生资源的利用效率。

二是积极配合做好医疗机构的分类管理工作，合理确定政府举办的非营利性医疗机构的规模。科学界定营利性和非营利性医疗机构，是完善财政补偿机制的重要条件，是执行有关税收政策和财政补偿政策的基础。财政部门要参与制定不同医疗机构的具体划分标准和范围，认真分析医疗机构有关经济情况，在当前财政十分困难的情况下，合理确定政府举办的非营利性医疗机构的规模，制定配套的政策措施，在保证每一级政府至少举办一所医疗机构的前提下，将大部分医疗机构逐步推向市场，从而将有限的财政资金用于补偿承担政府责任的医疗机构。

三是支持医疗机构的收费价格调整到位。调整医疗服务收费标准，逐步实现按社会平均成本等因素确定医疗服务价格收费。改革医疗服务价格管理办法，将政府定价形式改为政府指导价，不同地区、不同类别的医疗机构分别制定指导价格，合理拉开差价档次，适当提高医务人员的劳务收费标准，包括提高手术费收费标准、医疗常规检查项目收费标准、门诊诊疗费收费标准和住院护理费收支标准，合理确定大型医疗设备检查服务价格。在此基础上，建立健全医疗服务成本、价格检测体系，及时调整医疗服务收费标准。政府有关部门要加强对医疗服务价格及成本构成要素的监测，根据经济发展和物价水平等对医疗成本的影响，为政府制定合理的医疗服务指导价格、建立灵敏的调整机制提供依据。

四是改革医疗机构的管理体制，按照经营权和所有权分离的原则，进一步明确政府与医疗机构之间的关系，规范双方的权利和义务，支持医疗单位的人事制度和分配制度改革。在国家有关规定范围内，赋予医疗单位院长足够的人事权，由院长聘任副院长和科室负责人，科室负责人聘任科室工作人员。要按照事业单位分配制度改革的有关规定，建立分配激励机制，支持医疗单位实行档案工资和实际工资分离，实行目标综合效益工资，从而推进医疗单位科室搞好成本核算，调动业务人员的工作积极性。

完善对政府举办的非营利性医疗机构的财政补偿机制是规范医疗机构的行为、引导医疗卫生事业健康发展的需要，也是保障人民群众身体健康和提高人民群众生活质量的必然要求。在这个过程中，财政部门应着重做好以下几项工作：

积极筹措资金支持医疗机构的发展，加大对卫生事业的财政投入。各级财政部门要严格按照财政部的要求，保证对卫生事业的投入要随着经济发展不断提高，对卫生事业的投入不低于财政支出的增长幅度。进一步拓展资金来源渠道，建立卫生事业发展专项资金。取消国家对非营利性医疗机构的税收优惠政策，对所有的医疗机构按章征收各项税收，财政部门将此项收入全部作为卫生事业发展资金，用于支持医疗卫生事业的发展。并有效监督资金使用状况，提高资金使用效益，确保卫生事业健康发展。

转变财政对医疗机构的补助方式，提高资金的使用效益。

按照公共财政的要求，坚持事权与财权相结合的原则，对承担政府责任的医疗行为，建立财政对医疗机构的补偿机制。基本医疗服务原则上通过收费补偿，此外，由于医疗机构承担的社会弱势群体的医疗减免和医疗优惠等政策原因，以及收费价格不到位造成的亏损，靠药品收支结余不能弥补的，财政部门对医疗机构承担社会责任的部分，应按照市场化运作的方式，以政府购买的形式进行补助。当发生重大疫情、灾害和事故等特殊情况时，医疗机构为完成政府指令性任务发生的抢救治疗费用，由同级财政予以支持。同时，建立医疗科技发展专项资金，加大对医疗机构科技项目的支持力度，注重对科技人才的重点培养，提高医疗机构的科技含量和医疗水平。

进行医疗卫生投融资体制改革，吸引多元化投资，支持医疗机构的发展。

财政部门要支持成立医疗卫生国有资产经营有限公司，对医疗单位财政安排项目资金实行拨改投，支持医疗机构按照市场经济的规律优胜劣汰。医疗卫生国有资产经营有限公司负责经营管理本级医疗机构的现有全部国有资产，同时作为政府投资的主体，逐步承担政府办医中的非营利性固定资产投资职能。医疗机构要进行基本建设、大型维修或引进大的医疗设备，就必须向医疗卫生国有资产经营有限公司提出申请，由医疗卫生国有资产经营有限公司组织专门的专家鉴定委员会，进行专题讨论、评审、论证项目的经济效益，决定是否投资。实行财政资金的拨改投，可以增强医疗机构的市场意识，引导医疗机构通过提高医疗服务质量、搞好成本核算来降低医疗费用，争取病人和市场，从而赢得投资者的青睐，争取新一轮的发展，形成优胜劣汰的良性发展机制。财政部门要进一步拓展思路，支持建立医疗卫生国有资产经营有限公司作为出资人，吸引民间资本和外资的投资入股医疗机构，共同发展医疗卫生事业。