近年来，为贯彻实施“科教兴国”战略，各级政府逐步加大了财政科技投入的力度，不断改进管理，优化投资结构和方向，引导和鼓励企业等民间机构增加投入，使财政在促进高新技术及产业的发展、加强基础研究、培养高水平科技人才等方面发挥了积极作用。但与科技发展的需求和趋势相比，无论在财政投入总量、结构，还是在科技管理体制方面都存在着一些亟待解决的问题。

（一）财政科技投入总量不足，结构还需进一步优化调整。一是财政科技经费增长速度仍低于同期财政收入、财政支出的增长速度。由于在现阶段企业受其经济能力和研发能力的制约，财政仍是科技投入的主体，财政科技经费不足必然影响科技发展的总体水平。二是中央和地方经费投入重点领域没有合理界定，权限交叉，边界不够清晰。三是财政科技投入中用于R&D（科学研究与试验发展经费）的支出比例偏低，基础研究投入还比较薄弱。四是科技专项经费投入的重点领域不明晰，资金投向不集中。现行科技计划基本按科技活动不同阶段设置，但由于定位较难划分清晰，使专项之间容易存在交叉。而且对科技活动不同阶段财政科技投入总量和重点缺乏研究，可能出现科研活动在某一环节的弱化，难以形成科技活动的链条连接。五是项目经费和机构经费不均衡。财政科技投入经费转向以项目支持为主，有利于经费与科研任务挂钩，鼓励多出科研成果。但在具体实施时受财力所限，专项经费的大幅增长必然对机构经费产生制约，使得一些科研机构尤其是社会公益类科研机构人均经常性经费没有得到保障，制约了其科研能力的发挥。六是用于科技基础条件平台、科普方面的经费还显不足。

（二）科技专项经费管理体制亟待改革。按照我国目前的科技专项经费管理体制，容易造成专项设置的重复交叉和管理上的分割与脱节，不利于科学研究工作的统筹规划，不利于科技资源的优化配置，也不利于集中资金重点解决经济和社会发展中的重大科技问题。尤其是在民口、军口之间，以及民口部门研发阶段与工业阶段之间，统筹、协调工作还非常薄弱，科研项目经费管理中存在一定程度的多头申报、重复评估、重复支持等问题。而且国家级科技计划项目短期化、小型化、分散化现象突出，既体现不出国家总体战略目标，也难以对重大科研项目提供足够的经费保障。

（三）财政科技投入效益有待提高。从科技产出的指标看，我国专利、论文和重大科技成果等的数量和质量并不令人满意。影响因素一是科研机构设置重复、分散，目前的科技体制改革只能触及部门内部或区域内部的科研机构撤并调整，与进行深层次科技资源整合的目标还有相当长的距离。二是科研机构的部门、单位所有观念仍较为浓厚，缺乏国家层次的整体规划和政策导向，使得科技基础条件资源分散的问题十分突出。如科研单位，设备、数据、成果开放共享程度低。三是高校的科研能力没有得到充分发挥。四是缺乏绩效考评机制，监督检查力度不够，重投入、轻管理，重立项、轻成果的现象普遍存在。

（四）财政部门缺乏对财政科技投入的总体调控。由于受现行预算科目和财政部门内部职责分工的制约，科技经费由多个部门分头管理，缺乏对财政科技投入总体水平的统筹安排。而且，向人大报告的预算草案使用的只是“科学支出+科技三项费用”的口径，并非是真正全口径的财政科技投入。目前科技专项经费基本上是财政确定总量，投入的优先领域一般都由各部门自主确定。因此，财政部门实际上无法按照国家目标对财政优先支持领域进行调控。

（五）引导和激励社会各类资源积极投入科技领域的调控机制不健全。财政资源与社会资源不能良性互动，政府投入难以起到示范、引导、调整的作用，社会资金也难以通过政府资金的先期介入寻找到更好的获利或避险空间。一是企业对创新的有效需求不足，其R&D投入占销售额的比重长期低水平徘徊，科技投入强度明显偏低，企业并没有真正成为技术创新主体。二是社会资金不能有效进入到研发和产业化领域，未能充分分享科技创新成果和分担科技创新风险，金融创新和科技创新没有找到有效的连通机制。三是缺乏一种综合性的制度安排，使国家目标、企业目标以及大众投资者目标有机地结合起来。

无论是发达国家还是发展中国家，其经济发展对科技进步的依赖程度不断加大，技术创新对经济发展的模式和空间的影响不断增强，科技进步已成为经济增长的首要推动因素。因此，我国必须抓住科技发展机遇，大幅度增加财政科技投入，调整投入结构，充分发挥市场配置资源基础性作用和强化政府宏观调控功能相结合，引导企业提高技术创新能力，为实现跨越式发展、社会进步和提高国际竞争力做出贡献。

建立财政科技投入适度超前并稳定增长的机制

1.完善和健全财政科技投入法律保障机制，制订国家财政科技投入宏观战略。随着我国市场经济体系的逐步完善，以政府、企业和社会资本为基本要素的多元化创新格局正在形成。目前政府在科技投入中仍居于主导地位，因此，必须认真研究制定可操作性强、科学合理的财政科技投入保障机制，制定国家财政科技投入宏观战略。必要时应制定财政科技投入与GDP、财政收入、财政支出等经济指标的标准化衡量体系。

2.建立财政科技投入适度超前并稳定增长的机制。我国作为发展中国家，科技又落后于经济发展，必须使财政科技投入增长适度超前，才能通过“科技之手”迅速赶超发达国家。因此，要进一步完善和健全财政支出预算分配制度，加强财政对科技经费总量的调控力度，在公共支出安排上切实将财政科技投入置于优先的位置，根据国家中长期科技发展规划的需要，切实保证财政科技投入的增长。

调整财政科技投入投向和重点，优化投入结构

1.合理划分中央和地方的投入界限。中央财政科技投入范围应着重解决影响全国经济社会和行业发展的关键、重大、共性、基础性技术等方面的科技问题。地方财政科技投入的范围应着重解决影响区域发展以及提高区域产业竞争力有关的科技问题和科学普及。

2.对财政科技经费的资助领域和方向要按照WTO规则和公共财政的要求进行适当的调整。一是加大对基础研究、科技攻关、研究环境建设（科技服务平台）和科学普及的支持力度，以提高我国原始科技创新能力和全民科技素养的提高。二是高新技术研发和共性关键技术研发活动是我国财政科技投入的重点领域，要更多地支持能提高技术创新能力并产生拥有自主知识产权的重大科研成果项目，为经济和社会实现跨越式发展提供技术支撑，提高科技对经济的贡献率。三是根据经济和社会发展的需要，对农业、传统产业等受入世冲击较大的行业，可充分利用我国加入WTO后的过渡期，全方位增加对其支持力度包括增加科技投入，迅速提高这些弱势产业的竞争能力。四是支持积极专利战略的实施，加强对技术标准研究的财政支撑。五是加大对科技人力资源的投入，吸引和留住人才。

建立和完善适应科学研究规律和科技工作特点的科技计划和经费管理制度

1.建议设立高层次科技预算协调决策领导小组，逐步建立科技经费统筹配置机制。统一整合和协调各部门的科技投入，进一步打破部门、地区和行业界限，彻底改变条块分割的状况。要建立起军、民两大体系间特别是民口各部门间的协调机制。对现有科技计划、科学基金专项经费进行整合归并，进一步规范国家级科技计划、科学基金的设置和实施，明确其定位和投向，形成创新资源的宏观调控和战略协同机制。

2.通过建立和完善管理制度，强化科技资源的有效配置和资源设施的有效利用。要改变“部门所有”和“单位所有”的管理观念，大力提倡和推广国家、地区、部门和单位的设施、设备共用，资源、信息共享的管理经验，最大限度的提高其使用效率。

3.继续完善和推行科研专项经费基金制和课题制管理，建立财政科技投入的绩效考评制度。为进一步提高计划项目研究的质量和水平，提高财政科技投入效益，应在总结经验的基础上，进一步完善和推行基金制和课题制管理，对财政科技投入推行绩效考评制度，逐步把绩效考评与科技计划项目预算管理紧密结合起来。

继续积极推动科研机构管理体制改革，促进大学研究机构发挥创新能力

科研机构的管理体制改革有利于全面优化科技力量布局和科技资源配置，实现科技与经济的紧密结合，并形成一支为国家目标服务的、稳定精干的科研力量。要以此为契机，以满足社会公共需要为原则，进一步规范财政资金支持的机构范围，对保留的非营利性科研机构在结构调整的基础上加大投入力度，继续支持中科院实施知识创新工程试点。对于转制为企业的科研机构要通过财税优惠政策，促进其继续发挥在经济建设中的主力军作用。大学在国家创新体系中发挥着基础性作用，要通过财政手段鼓励大学与科研机构形成相互开放、分工合理的结构布局，加强对研究型、综合性大学的支持，使其创新能力得到充分有效发挥。

推动全社会尤其是企业科技投入水平的提高，支持技术创新环境建设

以直接优惠与间接优惠相结合的原则，对税收政策进行调整，推动创业投资发展，吸引企业加大科技投入。同时，从市场经济中政府职能定位和建设国家创新体系的角度出发，利用有效的财税政策和手段，着力于支持技术创新环境建设，切实促进企业成为创新的主体。如加快以培育高技术中小企业为目的的科技园的建设，促进中小型科技企业的发展；大力发展技术中介服务机构；积极培育和引导风险资本市场的建立，拓宽技术创新的融资渠道；密切产学研对产业共性技术进行联合开发，促进企业自主创新能力的提高。