科研机构管理体制改革是我国科技体制改革的重要环节。按照国务院关于推进科技体制改革的总体部署，1999-2000年，先后共有376个中央级技术开发类科研机构实行了企业化转制。2001-2002年，科技部、财政部、中编办先后批复了13个部门所属206个社会公益类科研机构的改革实施方案。在社会公益类科研机构改革中，原有的206个科研机构，除转制为企业、业务类事业单位、中介机构或进入高校外，将为社会提供公共服务，同时无法得到相应经济回报的71个科研机构，转为非营利性科研机构。从有关部门和科研机构反馈的情况看，科研机构转制工作实施比较平稳，转制后运行情况良好，焕发出新的生机和活力。

在中央级技术开发类和社会公益类科研机构改革中，财政部充分运用财政调控手段，积极发挥财政职能作用，加强与有关部门的协作，采取多种有效措施，支持和推动改革，有力地促进了中央级科研机构管理体制改革工作的顺利进行。

一、积极参与制定中央级科研机构改革方案

改革方案是推动中央级科研机构转制的前提和基础，在整个科研机构管理体制改革中具有方向性和先导性作用。为此，财政部与有关部门密切配合，做了大量工作。在深入调查研究、广泛征求意见的基础上，针对技术开发类和社会公益类科研机构的不同特点，参与制定了不同的改革实施方案。

对于技术开发类科研机构，要求从实际情况出发，自主选择改革方式，包括转变成科技型企业、整体或部分进入企业和转为技术服务与中介机构等。同时，为做好科研机构转制前后的工作衔接，确保转制工作有序进行，还对科研机构转制后注册登记、现有国有资产处理、资产管理及财务关系由谁负责、经费划转等做出明确规定。

对于社会公益类科研机构，提出区别不同情况，实施分类改革方案。具体是：有面向市场能力的要向企业化转制。以提供公益性服务为主的科研机构，有面向市场能力的也要向企业化转制。主要从事应用基础研究或提供公共服务、无法得到相应经济回报、确需国家支持的科研机构、仍作为事业单位，按非营利性科研机构运行和管理，其中具有面向市场能力的部分，也要向企业化转制并逐步与原科研机构分离。其他科研机构要向中介服务方向发展。在具体确定改革方案时，财政部配合有关部门对现有科研机构性质进行甄别，较好地保障了改革方案设计的合理性和可操作性。

二、制定财税优惠政策，为科研机构管理体制改革创造良好条件

为保障科研机构管理体制改革工作的顺利进行，根据国务院《关于印发<国家经贸委管理的10个国家局所属科研机构管理体制改革的实施意见>的通知》和《国务院办公厅转发科技部等部门关于深化科研机构管理体制改革的实施意见的通知》的有关规定，财政部会同有关部门，区分不同情况，制定了相应的财税优惠政策。

（一）为顺利推进技术开发类科研机构实行企业化转制，国家相继出台的财政税收政策主要有：规定转制科研机构原有的正常事业费继续拨付，并要求其主要用于解决转制前已经离退休人员的社会保障问题，以减轻技术开发类科研机构向企业化转制的负担和压力。考虑到基本建设项目的延续性，明确基本建设项目投资在过去五年平均水平的基础上，结合在建项目实际情况，继续由中央有关部门给予两年的补助，推动了转制科研机构科研用房和科研条件的改善。为解决转制科研机构职工的后顾之忧，对转制前、转制过渡期内以及转制后离退休人员的养老保险政策分别做出规定，调动了转制科研机构职工参与改革的积极性。提出转制科研机构参加国家科研课题和项目申请、竞标享有与其他科研机构同等的权利，保证了转制科研机构平等竞争国家科研计划课题，稳定和增强了转制科研机构面向市场竞争的科技实力。为推动实行企业化转制的科研机构尽快走向市场，采取“扶上马，送一程”的做法，明确提出从转制之年起五年内免征企业所得税、技术转让收入营业税和科研开发自用土地的使用税；同时规定转制科研机构享有自营进出口权。

（二）鉴于社会公益类科研机构分类改革的不同特点，为提高社会公益类科研机构在瞄准国家目标和提供公益性研究方面的水平和质量，促进我国经济社会的协调发展，对社会公益类科研机构分类改革出台了相应的财政税收优惠政策。即：对于在改革中整体进入企业或转制为科技企业的社会公益类科研机构，明确执行技术开发类科研机构转制的财政税收政策。对于向社会提供公共服务，难以取得相应经济回报的社会公益类科研机构，在调整结构、分流人员的基础上，按非营利性机构的机制运行和管理。改革目标是非营利性科研机构人员大体上不超过原来社会公益研究机构人员的三分之一，并经过调整重组，最终形成近百个重点科研机构，使其成为社会公益研究方面的国家队。

国家财政对非营利性科研机构加大投入力度，并配合有关部门实施多项优惠政策，支持和促进非营利性科研机构工作开展。

首先，明确国家将对非营利性科研机构的正常运行、设备购置、基本建设等方面给予资金支持。其次，加大对非营利性科研机构正常运行费的支持力度。按照“机构认定，经费到位”的原则，对于已按规定被认定为非营利性科研机构的，在重新核定编制后，结合各机构存量经费和现有人均经费程度，财政部门逐一确定各单位经费的具体增加数额。2001-2002年，财政部共安排专项经费3.6亿元，重点用于非营利性科研机构改善科研条件，有力地促进了社会公益类科研机构改革工作。第三，按照国家关于对非营利性科研机构税收优惠方面的原则意见，财政部会同国家税务总局研究提出了对非营利性科研机构实行税收优惠的一揽子政策。比如，非营利性科研机构从事技术开发、技术转让业务和与之相关的技术咨询、技术服务所得的收入，按有关规定免征营业税和企业所得税。又如，非营利性科研机构自用的房产、土地，免征房产税、城镇土地使用税。此外，对转为其它业务类事业单位或进入高校的科研机构，明确执行有关事业单位的支持政策。

三、配合有关部门研究制定相关配套政策，为转制科研机构健康发展营造良好环境

中央级科研院所管理体制改革涉及方方面面，既涉及职工、单位、科研机构所在地和国家的利益，又涉及需要解决的许多现实问题和历史遗留问题。在改革方案和财政优惠政策出台后，亟需研究制定多方面的配套政策和措施，以便更好地推动转制科研机构在新的环境下发展壮大，有利于促进科技与经济相结合，促进社会的全面发展。

（一）为规范技术开发类科研机构改革中若干财务和资产管理问题，财政部会同科技部制定了相关政策，对转制科研机构的财务管理体制、经费关系划转及变更、课题经费管理、适用的财务会计制度及资产管理等方面做出规定，较好地解决了转制科研机构财务和资产方面的交接问题。

（二）为彻底解决科研机构转制前离退休人员的离退休费调整问题，财政部会同劳动保障部等部门设计了多种解决方案，经分析比较并报国务院同意后，按照“老人老办法”的原则，制定了转制前离退休人员所需经费的调整政策，并明确了相应的经费渠道和支付方式。从而打消了转制前离退休人员的顾虑，对后续的科研机构改革工作起到重要的推动作用。

（三）根据加入WTO后面临的新形势以及我国知识产权管理的现状，会同有关部门制定了《关于国家科研计划项目研究成果知识产权管理的若干规定》，对知识产权的管理、使用、归属、收益分配、推广等做出明确规定。这些规定对于充分调动包括转制科研机构在内的科研单位和科技人员技术创新、促进科研成果转化的积极性，增加我国自主知识产权总量，提高我国的国际科技竞争力等具有重要意义。