现阶段，中央财政专项支出资金拨款方式大致分两种：一是中央财政对地方专项拨款，由财政部按项目拨付或补助地方。二是由财政部切块分配、拨付给中央部门或单位使用，由中央主管部门和单位转拨至其下属项目资金使用单位。对应上述拨款方式，对中央财政专项支出资金的管理方式也分两种：中央财政对地方专项拨款，由省级财政部门负责日常管理；由财政部切块分配、拨付给中央部门或单位使用的专项资金，由中央主管部门负责日常管理。此外，财政部还就部分专项拨款资金项目授权专员办就地履行监督职能。

财政部对中央专项资金管理的要求是从事前、事中、事后全过程进行监管，要从保证资金的有效性和安全性出发，分阶段进行监控。但从中央财政专项支出资金管理现状看，事前、事中、事后监管均未落实到位，存在着许多问题：

1.事前审查缺位。目前，项目申请的事前审查，主要由申请资金单位的中央主管部门和省财政主管部门进行，然后将申请报告上报财政部，由财政部根据当年财力可能和以前年度拨付中央主管部门和各省的专项资金总量进行平衡后安排。中央主管部门和省财政从自身利益出发，往往注重项目资金的总量，而不能将项目的可行性及资金使用的效果放在第一位，没有认真严格地履行事前审核职责。而财政部安排专项资金的有关主管司局因精力和人手有限，不可能做到对每个申请项目进行细致的审查，从而使事前审查流于形式。

2.事中监控失控。受部门和地方利益影响，中央主管部门和省财政的工作重点是资金的再分配和综合平衡，对资金的合法、合规使用则主要依靠资金使用单位的自觉管理。专员办虽具有对部分中央专项资金的监督职能，但因其工作重点不是对中央专项支出资金的检查，财政部授权的监督职能和范围不清晰，加之财政部下拨中央专项资金计划大多未抄送专员办，中央主管部门和省财政也未主动向专员办抄送资金分配和使用的具体情况，从而使专员办对中央专项支出资金事中监控处于一种盲目、被动的状态，即使偶尔接受财政部安排的对某项中央专项资金的检查任务，也只属于专项的、非常规性的事后检查，而未能实现对资金使用的事中监控。

3.事后审计、评效落空。从长期的执行情况看，中央主管部门和省级财政主管部门再分配和使用中央财政专项支出资金时，均未能及时全面地对项目、资金完成情况进行审计和报告。财政部在安排当年中央专项资金时，并未完全、充分地考虑以前年度安排的项目资金的使用效果，对单个项目安排专项资金时，上期申领专项资金的使用效果也并未作为对项目本期申请专项资金的重要参考依据。中央财政专项支出资金使用的绩效评估就更是无法实施了。

近几年，专员办和审计部门对部分中央专项支出管理使用情况进行专项检查时发现，由于中央财政专项支出资金事前、事中、事后监督的不到位，造成了中央专项支出资金在管理和使用过程中出现了大量的问题。主要反映在：上报的可行性报告不真实，资金不能及时到位、滞留现象严重，资金被挤占挪用，地方配套资金不到位，项目未认真执行预算，资金使用效益低等。因此，要尽快建立中央财政专项支出资金的事前审核、事中监控、事后稽核考评的全方位监督管理机制，实行对专项资金的监管责任制，以日常监管为主，专项检查为辅，实行中央财政专项支出资金国库集中支付（转移支付除外）。

1.规范中央财政专项支出的申请程序和要求。申请中央财政专项支出应由中央主管部门和省级财政主管部门向财政部提出。申请专项拨款时，应报送申请专项资金的报告。实行项目管理的专项资金，申请时必须报送可行性研究报告。报告的主要内容包括：申请中央财政专项资金的理由、补助的数额和时间期限、补助资金的计算标准及计算方法，申请单位自筹资金或配套资金的数额，中央财政补助资金运用要达到的预期目标、经济和社会效益，中央财政补助资金的使用方向及管理方法等。因申请部门分布区域广、涉及行业多、申请资金笔数多、审核工作量较大，财政部可委托或授权专员办就地对申请报告进行初审，将初审意见报财政部。财政部根据国民经济发展的需要、宏观政策目标的要求以及年度预算安排的实际情况，对报送的专项拨款申请结合专员办审核意见进行论证和审核，综合平衡后提出安排意见。

2.按照资金的不同经济性质实行不同的拨付、监管方式。一是对购买性专项支出实行国库集中支付制度。财政部确定这类专项支出后，可将确定的年度拨款预算下达到资金申请部门和具体使用资金单位，并抄送当地专员办。资金使用单位申领资金时，按照国库集中支付制度要求，向财政部驻当地专员办提出申请，由专员办按照要求进行初审并签署审核意见后报财政部，由财政部根据用款单位申请及专员办的审核意见，拨付专项资金至资金使用单位或商品供应商或劳务提供者。年度终了，用款单位应向财政部报告资金使用及项目完成进展情况，专员办结合对用款单位用款申请的审核工作，对用款单位管理、使用专项资金情况进行监督。二是对转移性专项支出实行拨付资金至申请资金主管部门的办法。财政部确定这类专项支出后，将确定的年度拨款预算及计划下达地方财政主管部门，并抄送当地专员办。各省、自治区、直辖市、计划单列市财政厅（局）接到财政部下达的此类专项拨款后，应按财政部规定的专项拨款用途、对象，及时向下分配，不得挤占挪用，不得任意改变和扩大资金使用范围，不得变更预算支出科目。应由地方安排配套资金的，应该足额安排。在转拨中央专项支出资金时，应将转拨资金文件及时抄送当地专员办备案。由专员办对其资金的管理、分配情况实施即时监督。转移性专项资金的具体组织执行、管理、监督工作，由资金所在地省、自治区、直辖市、计划单列市财政厅（局）负责。每年应就此类资金的使用、监管情况向财政部书面报告，并抄送当地专员办。专员办可根据工作情况和财政部的专项要求，对资金使用情况进行抽样检查，对各地上报财政部的年度报告和报表进行核实。

3.建立专项支出资金的绩效考评、问效制度。一是实行年度报告考评。使用中央财政专项资金的单位，应在年度终了向其中央主管部门、省级财政主管部门、财政部驻当地专员办报告资金的使用及项目实施进展情况，由财政部驻当地专员办结合日常监督掌握的情况，对其资金使用的合法、合规及效率、效益情况进行综合性评价，对考评中发现的违法、违规问题进行纠正，并把处理事与处理人结合起来。评价结论报财政部，为财政部下年安排专项支出资金提供参考。二是实行项目竣工决算报告评审制。实行项目管理的，在项目完工后，要及时编制并报送项目竣工决算，由财政部驻当地专员办或财政部指定的机构对其竣工决算进行审计评估，并考核项目产生的经济效益和社会效益。审计评估结果报财政部，由财政部统一向人大报告和向社会公示，使社会各界了解中央财政专项支出资金的执行情况和效果，提高资金使用的透明度。

4.加快立法步伐，尽快完善公共支出法规体系。针对《预算法》在财政资金的分配、使用、管理、监督各环节规定比较笼统的情况，进一步完善《预算法》和《预算法实施条例》。同时，抓紧研究制定以《预算法》为基本法、适应市场经济需要的各项支出法律法规，如《财政监督法》等。或在成熟的时候，以《预算法》为基础，综合财政工作其它要求和规范，制定一部全新的《财政法》。此外，要搞好法规之间的协调，维护《预算法》的权威性。针对目前存在的某些“以法压法”现象，全国人大和有关立法部门应该按照法律程序要求，认真清理、纠正与《预算法》相冲突的法规条例，以加强部门法律法规同《预算法》之间的衔接与协调工作，切实维护《预算法》的权威性。