自1999年以来，财政部门为加强财政管理，强化内部约束机制，实施了内部监督检查制度。几年来的实践证明，内审工作规范了部门预算的编制行为，促进了预算外资金“收支两条线”政策的落实，减少了预算执行中的不规范行为，推动了管理部门内部约束制度的建立和健全。近年来，为适应建立公共财政体制框架的要求，财政部门进行了一系列改革，如实行部门预算、建立现代国库管理制度和政府采购制度等，这一系列改革在加强了财政管理，提高了财政工作质量的同时，也给现行的财政部门内审工作带来了新的问题。

一是内审工作还没有建立对资产使用的量化评价体系。由于受我国传统的审计方法所限，目前我国财政部门的内审工作虽然已经开始探索财政资金绩效审计，但现行的审计内容主要还是在各单位编制和执行预算的规范性及财务制度执行合规性上，对资金使用的经济性、效益性和效果的关注甚少。对管理上存在的问题只停留在定性分析，缺少定量分析。

二是中央部门的政府采购资金没有纳入内审范围。自1996年进行政府采购试点工作以来，全国已有一半以上省市在不同程度上进行了试点，其试点范围从比较容易操作的小汽车、办公设备购买扩展到小汽车维修、保险、医疗设备、会议服务、管理信息系统构建、工程公开招投标等领域。在行政部门的设置上，有的地方是在政府下设政府采购办公室，有的是财政部门内下设专门政府采购办公室，有的是政府机关事务管理局中下设政府采购办公室。不管是政府采购机构设在哪个部门，政府采购使用的资金都是财政资金，应当列入财政部门内审的范围接受监督检查。

三是中央财政内审和地方财政内部监督的协调运作机制还未建立。公共财政管理体制改革是一个系统工程，涉及到中央和地方两个层面。地方的财政改革若不能顺利、及时到位，必然会影响整个公共财政体系建设的进程。目前，中央财政的内审工作已进行了近4年，为促进公共财政体系的完善做出一定的贡献。但地方财政部门内审工作进展情况参差不齐，有的地方甚至还没开展对预算编制和执行的内审工作。在我国财政实行分级管理体制情况下，地方财政部门和中央财政面临的一些问题是相同的或类似的，可以相互借鉴，但由于内审工作具有一定的保密性，所以地方不愿意向中央提供内审信息，地方之间也不愿意相互交流，这给内审工作的质量提高带来了一定的障碍。各级财政及同级财政之间的内审协调运作机制没有形成，不利于监督合力的形成。

四是财政部门资金管理单位和内审机构的信息沟通不够。内审是财政部门为加强管理而采取的一种管理手段，但内审机构和财政部门内部资金管理单位的日常管理又不能完全割裂开来。特别是实行公共财政管理体制以后，我国的财政管理发生了很大的变化，管理部门掌握着日常管理中的大量信息，而内审人员掌握的管理信息是不完全的。在财政部门目前的管理体制下，部门之间的信息交流不多，特别是管理部门的日常管理信息不能及时提供给内审人员，严重影响内审工作全面开展。

内控机制是提高财政部门工作质量的有力保障，是提高财政资金使用效益的重要途径，是加强对财政干部约束、管理的有效手段。在我国建设公共财政管理体制过程中，内控机制建设显得尤为重要。建立一个制度健全、监督有力、运作协调、结果落实得力的内控机制是公共财政管理体制建设和顺利运行的重要保证。为此，财政部门的内控机制应做以下几方面的调整：

一是确立监督和管理相结合、中央和地方相结合的内审意识，为公共财政体制改革保驾护航。财政部门的内部控制机制是一个系统工程，其核心内容是内审制度，其基础是各资金管理单位制度的建立和完善以及各地方内审制度的完善和运行。地方内审机制是财政系统内控体系的重要组成部分，完善的地方内审制度可以为内控制度提供较为全面的信息，只有上下一体，才能形成对整个财政资金的有效监管。

二是引入财政资金绩效审计机制。与以往单纯查账式的审计不同，绩效审计不仅要求查清账目，而且应提出降低政府管理成本，提高资金使用的经济性、有效性和效率的具体建议，从而使行政部门决策者在用钱时好好掂量一下：这笔资金投进去后，会有什么产出，能有什么效果，否则，绩效审计就会有当家理财“不善”的记录。另外，绩效审计为考核人员的能力提供了科学依据，以前往往从定性的角度来评价干部，反映不出其实际能力，而从财政资金绩效角度对其进行量化后，就可以了解工作人员在编制部门预算和管理中的效率及存在的问题，并据此对其进行考核。

三是财政部门的内审工作应制度化、经常化，并逐步向事中、事前转移。财政部门开展内审工作后，颁发了一系列的规章制度，对内审的工作内容、工作程序、处理处罚及其他相关问题做出了规定。但在正式的法律、法规中，对内审工作的规定还比较欠缺，如《预算法》中没有授予内审应有权利的内容，这需要在修订和完善《预算法》时加以补充，从制度上规范并明确内审的地位。另外，从内容上看，内审除了开展日常检查外，也可就财政工作中正在发生的重点、热点问题开展不定期的检查。在财政部门进行部门预算、国库集中支付改革后，财政资金管理的方式较以往有很大变化，特别是有的单位兼有项目和资金的双重管理权限，在部门预算编制结束并经过全国人民代表大会审议通过后，这些项目和资金已具备了法律效力，如果内审中发现编制中存在的问题，事后调整项目和资金已为时过晚，不利于预算资金的有效使用，为此，内审可将关口前移到项目立项和预算编制的环节，介入事中、事前监督，以避免财政资金的损失浪费。

四是将中央部门的政府采购资金纳入内审范围。政府采购资金是财政资金重要组成部分，是没有分配到各部门的资金，应当纳入内审范围加强监督。另外，随着政府采购支出的迅速增加、采购范围的日渐扩大和工作的日趋复杂，公众不仅要了解政府采购开支是否合理、合法，而且还要知道采购资金是否经济、有效地使用，采购行为是否有效果，这就需要用绩效审计的方法来监督各政府采购部门履行其经济责任。

五是将内审的结果和干部管理相结合，重视内审所提意见和建议的落实。要督促内审干部重视日常工作，充分发挥内审在干部管理中的作用。另外，内审意见和建议的落实是内审发挥作用的重要一环，如果检查意见不落实，内审就失去了其存在的意义。为此，内审工作应加大对被审单位的复查力度，维护检查意见的严肃性。对未认真落实内审意见和建议的单位果要加大处罚力度。

六是加强对地方内控机制建立的指导。地方财政部门的内控机制是财政部门内控机制建立的基础，没有良好的基础，不可能形成完整的、高效的内控机制。另外，中央财政转移支付到地方的财政资金中一般性转移支付资金已列入地方政府预算管理，只有地方财政部门建立合理有效内审机制，才能保证中央财政转移支付资金的安全有效。中央财政部门需进一步加强地方内控机制建立的监督，一方面加强业务指导，另一方面则应适时对部分地方预算编制和执行情况进行检查，促进地方财政部门加大内控机制建设力度。

七是加强内审和管理、内审和外查的配合，扩大内审的影响力。内审和管理是密不可分的，只有管理部门提供完整、准确的信息，内审才有依据，只有管理部门提供日常的信息，内审才能动态地掌握各部门情况。内审和外查是息息相关的，内审应充分利用外查的成果和地方财政部门的力量扩大监督面，增加内审的检查力度和范围，加大中央财政转移支付地方的财政资金检查力度，保证财政资金的完整、安全和有效使用。