在财政管理和财政改革不断深化的新时期，财政部赋予了各地专员办对“三会”（中国银监会、中国证监会、中国保监会）派出机构部门预算监督管理的职责，从三年来的部门预算改革试点和对部门预算监管的情况来看，在部门预算管理实践中，尚存在着一些亟待引起重视的问题。

1.预算编制难审核。一是预算定额待量化。当前，部门预算编制的定额测算，基本上只是对过去几年实际预算拨款的简单平均，尚未建立科学、规范、合理的支出标准和预算定额体系，部门预算还不能完全摆脱传统的“基数加增长”的预算编制方法，经费标准主要是以上年的基数为基础设定，难以发挥部门预算管理中定员定额在规范人员经费管理、均衡部门间公共支出水平方面的作用。二是工作量难确定。预算编制中存在内容上与工作计划制定上的脱节，预算与工作计划衔接困难。主要缘于条块结合的行政管理体制，使部门很难在编报预算时就能制定出下一年度的工作计划，形成预算编制时工作量的依据不足和不准确，专员办对一些办案费、会议费和差旅费等预算的审核，只能就事论事，很难达到准确、规范。三是刚性预算难核减。由于各项预算“基础”的形成经历了较长的历史积累过程，一些经费开支已具有了很大的刚性，而财政部核定给这些预算单位的工资、津贴、奖金等水平较高，基本上认同了这部分刚性支出，但专员办按照国家、地方政府出台的有关政策进行审核，就会与这些中央二级预算单位的主管部门核定的工资收入总额计划存在差异。对此，专员办很难根据政策进行审核和调整。

2.预算编报不完整。一是结余问题。《预算法实施条例》中规定，预算的编制内容，包括上一年度经费结余用于本年度安排的支出。但是这条规定在实际操作中难以做到。因为上年净结余一般要在下一年度才能定下来，因此在编制下一年度财政预算时无法将之列入年初预算。二是漏报问题。有些预算单位不能按部门预算编制的要求，准确地预测各项预算收入，如某预算单位2002年未编制预算收入近2亿元。三是政府采购预算未编制。根据财政部颁布的有关规定，从2002年开始，对“政府采购预算”实行批复制度，以强化政府采购的法律地位。而一些预算单位在编制项目支出预算时，没有结合项目的内容同时编制政府采购预算，漏报现象比较普遍，使得政府采购预算没有得到贯彻落实。

3.预算执行不严格。部门预算实施以来，预算执行的结果不够理想，随意性较大。部门的项目经费仍通过大量的专项报告申请追加，一些未列入支出预算的项目仍在开支，经费超支现象时有发生，使政策规定与实际情况出现脱节。此外，年度经费的追加或调减大多在年底进行，这在一定程度上影响了预算单位执行预算的严肃性。

4.项目管理不严肃。一是项目申报较粗糙。中央二级预算单位在编制项目预算计划时比较粗糙，对项目的研究和论证不充分，申请时未按项目申报文本的格式进行申报，有的甚至不报。此外，还存在着未按项目申报，而在日常公用经费中列支的问题。二是项目列支不明确。由于《中央部门项目支出管理试行办法》中对项目支出的界定不明确，部分日常公用经费与专项项目存在交叉现象，且没有明确的数量界限，造成预算单位在项目执行过程中随意调节，将项目的超支部分在日常公用经费中列支。由于制度上的不明确，容易造成预算单位将预算“化整为零”，逃避有关部门的监督。

5.报表内容不全面。单位会计报表是财政部门直接了解单位财务状况的一种有效方法，而现行预算会计报表却存在以下三方面的问题：一是反映支出数字不全面，缺乏当月数，不利于分析对比。二是未在一张预算报表中反映所有的预算收支，基建收支、地方财政转移支付等仍单独反映。如某预算单位2002年未纳入预算收入编制达9000多万元，其中有6000多万元挂在服务中心等单位的账上，原因是该单位以经费的来源设立账表，形成该单位有经费账、地方财政返还资金账、服务中心账、基本建设账等四套账表，到年终决算汇总时，根据要求也只是将经费账、服务中心账的数据编入决算，而地方财政返还资金账、基本建设账两套账表则单独上报，没有编入决算汇总。由于报表统计口径不一致，造成决算报表不能反映部门预算执行情况。

实行部门预算是我国继实行分税制财政体制和新的税收制度后，在财政支出管理上推出的一项重大管理改革，是财政改革的重头戏。因此，今后应从以下几个方面加强部门预算监管，保障部门预算改革的顺利进行。

1.完善部门预算相关制度和标准。一是建议适时修改和补充现行的《预算法》。在实行部门预算之后，各预算单位的收支要单列预算上报，也就是预算编制要细化到单位、项目，因此，应在现有的《预算法》中增加对编制部门预算的具体规定，强化部门预算编制的约束性。同时完善预算编制范围，明确将预算外资金纳入部门预算，保证部门预算内容的完整性。通过立法确立财政综合预算的法律地位，确立“大收入、大支出”的财政分配格局。二是完善有关会计制度。针对检查中发现的有些单位占用外单位资产未在账上反映的问题，建议财政部完善有关会计制度，增设“占用资产”科目，以正确反映一些预算单位实际占用的、由地方政府和部门提供的办公用房的情况，为准确编制部门预算打下基础。同时建议对闲置的资产收取资产占用费，以减少预算支出，提高财政资金的管理效能和使用效益。三是确定科学的支出定额。部门预算中的基本支出包括人员经费和公用经费两个部分，对于一些支出内涵相对固定的内容，应按照公平性和差别性相结合、稳定性和动态性相结合的原则，核定定额标准，使财政供给范围内的行使公共职能所必需的支出标准基本一致。统一规范福利补贴标准，取消政策外补贴和对部分部门支出的照顾。

2.加大专员办参与中央部门预算管理改革力度，全面有效地监控中央财政支出资金。专员办参与“三会”派出机构的部门预算管理工作，是专员办融入财政管理、参与中央部门预算管理改革具有探索性的重要一步，目前应抓紧做好“三会”派出机构预决算审核试点，完善方法，规范制度，摸索经验，在此基础上，可以扩大到对海关、国税和人民银行分支机构的部门预算审核管理，因为这三个部门在各地的分支机构与“三会”派出机构在职能、管理体制和预算管理等方面基本相同，专员办能够较快适应新的工作要求；同时这三个部门是中央预算收入征管的执法主体，也是专员办开展中央预算收入征管质量监督的主要监管对象。待条件成熟后，再将中央二级预算单位的部门预算全部纳入专员办的监管，这样就能有效地对中央预算收支进行监控。

3.建立健全部门预算监管工作基础制度。一是建立部门预算单位基础资料信息库。主要收集机构职能、内部机构设置、人员编制、实有人员、各类资产占用和使用情况，并摘录历次审核和检查的情况，便于进行日常的预算监管。二是建立经常性检查制度。专员办应根据财政部的工作要求，制定年度部门预算监督检查工作计划，开展对中央二级预算单位的监督检查，严肃查处随意调整预算、挪用资金等违纪行为，强化部门预算的约束力，并对预算检查情况进行分析总结和绩效评价，提高下一年度预算编制的科学性、合理性，维护部门预算的权威性，提高财政资金使用效益。三是建立责任追究制度。专员办的有关岗位责任人在审核工作中，要树立服务意识，严格执行工作纪律，依法履行职责，对因玩忽职守造成延误预算上报及其他重大问题的，要依据公务员管理条例的规定，追究相关责任人员的责任。四是建立绩效评估制度。根据财政部有关预算单位绩效评估的要求，专员办对中央二级预算单位的预算执行进行综合的绩效考评，并将绩效评估结果上报财政部。