1999年以来，我国政府试行了部门预算改革，并取得良好成效，但由于改革的艰巨性、“既得利益”的阻扰以及相关条件的限制，现行的部门预算试点改革还不够彻底，还有许多不完善之处。因此，我国的部门预算改革还有待于进一步深化。

强化部门预算的立法监督。从现行的部门预算改革实践来看，我国政府预算的法制建设应着重抓好以下两方面工作：（1）完善立法审查的机构建设，加大公共预算的立法审查力度。目前，我国的预算审查主要通过人大财经委来进行，预算审查的能力普遍不强。建议在人大成立专门的预算审查机关，实行公共预算审查首长负责制，通过立法，赋予公共预算审查机关独立的审查权，并保证审查机关法律地位的独立性、经费来源的充足性和审查人员的稳定性，从而为保障预算审查的客观和公正创造基本条件。同时，还可以考虑组建公共政策专家团或顾问团，增加公共预算审查范围，延长公共预算审查时间，充分发挥政府审计部门在立法审查中咨询和建议的作用。（2）积极谨慎地介入政府预算执行过程。我国人大对政府预算执行情况的介入一直比较薄弱，因此，应采取一些切实的做法，逐步加强对政府预算的监督控制。首先，完善有关预算日常监督制度。要形成政府及有关部门日常预算报表定期向人大报送的制度，包括本级预算收支计划的月份、季度和年度执行情况及有关分析资料等。要明确人大与政府部门日常工作联系的形式，使之程序化、制度化。各级政府的预决算报告应报送同级人大和审计部门，作为监督预算执行的依据。其次，应加强对专项资金、基金管理的监督力度，特别是加强对住房公积金、社会保障基金等预算外资金管理的监督，保证基金的安全。再次，要强化预算编制、执行中的法律责任。现行预算法中对预算编制、资金拨付、情况报告等方面的不当行为，没有法律上的约束。今后应完善预算法律责任制度，对整个预算过程中的违法行为及其他不当行为应承担的法律责任作出明确规定。

提高部门预算的行政监管效率。公共预算的行政监督属于政府行政系统内部的监督，是由财政部门和审计部门具体组织实施的。监督的对象是本级政府机关及下一级政府，它比立法审查更复杂，故需研究有效的行政监管体制及办法。（1）采用逐步分散的行政监管体制，提高监管效率。在我国这样一个地域辽阔、人口众多、经济发展极不平衡的国家，大一统的集权体制难以适应多元化的客观现实，分散化的决策选择应成为我国改革开放的重要特征和历史发展趋势。公共预算的管理同样应顺应这种趋势，采用逐步分散的监管体制。（2）加强纵横向政府审计。从纵向来看，要强化上级政府对下级政府的监管力度，一种通常的做法是在下级政府设置审计监察机关或专员，但这种监控不能干扰下级政府的自主决策，应将重点放在与上级政府决策有关的事宜上。从横向来看，要加大同级政府审计的力度，提高政府审计的独立性和权威性。（3）改进政府会计核算办法。我国的预算会计制度已进行了重大改革，将长期以来一直沿用的记账方法由收付记账法改为借贷记账法，将核算内容进一步扩展至各种预算外资金，使政府会计能更全面地反映政府预算资金的规模、结构和使用效果。但是，这种改革还不彻底，因为政府预算会计仍旧采用收付实现制，无助于政府作长远打算，应该采用权责发生制作为政府会计的核算基础。

增强部门预算过程的透明度。（1）逐步在部门预算决策中引入听证制度。这对于促进公共预算决策中的公众参与、增强预算过程的透明度、改善决策中的随意性、提高决策的科学性和民主性等都具有良好的促进作用。为此，要详细研究各国采用的预算听证制度，制定切实有效的听证制度，既要保证公众的广泛参与，又要防止此项制度变成少数人控制的工具。（2）充分发挥政协和民主党派对部门预算的监督作用。可以设想采取以下方式：吸收政协委员参与公共财政重大决策的制定，赋予政协委员会审查政府财政预算的权力，规定政府机关定期报告有关公共财政管理中的重大事项。（3）强化新闻媒体的舆论监督作用。新闻媒体对于公共财政管理的报道，无论是成绩的宣传，还是问题的“曝光”，都能产生强大的影响力。社会公众通过新闻媒体对财政管理这一公共问题的了解与关注，有利于公共财政管理制度的健全和完善。（4）建立和健全部门预算公告制度。它使社会公众能够了解政府公共财政管理的实际情况，有利于实现公共财政管理的社会控制。财政预算报告必须符合完整性、公正性和及时性这三项基本规范，以便报告的使用者能全面、准确、及时地了解政府公共预算收支的状况，使政府的公共管理行为接受全面的监督。随着网络技术的发展和计算机在政府公共管理中的广泛运用，利用政府网站登录公共信息变得越来越方便，也日益受到公众的欢迎和支持。要把加快电子政府的建设与建立、健全政府预算报告系统紧密结合起来。

改进政府部门预算的编制方法。对于部门预算编制方法的改进，根据我国政府预算改革的实践，应着重抓好以下两方面的工作：（1）科学划分政府预算收支项目。首先，预算收支科目的划分要与复式预算的编制相适应。按照复式预算的编制要求，应该把当期的预算收支与将来的预算收支区分开来。相应地，预算科目也要划分经常性预算收支科目和资本性预算收支科目两大类。预算收入科目应该区分税收收入和非税收收入，预算支出要区分经常性支出和资本性支出。只有这样，预算收支科目才能比较清晰地向公众传递更有用的信息。其次，预算收入科目要与预算支出科目严格区分。我国现行的预算科目没有完全遵循这一点，将本质上属于支出的项目作为收入的减项，违背了“不能以收抵支”这项会计核算原则。要把退税和国有企业的亏损补贴从收入科目改为专项支出科目，这样才能有助于反映政府预算收支两个方面的全貌，同时也便于了解有关利益集团从政府支出方获得的好处。第三，同一层次的预算科目在逻辑上要保持一致并逐渐细化。一个逻辑上统一的比较详细的预算收支分类应该是一个阶梯式的分类体系，故而，同一层次上的预算科目只能采用同一分类标准，而不能同时采纳两个或两个以上的分类标准，否则就会造成混乱。如果有多个分类标准，则要逐步细化，分别罗列。第四，预算科目的设定要具有国际可比性。我国已宣布加入国际货币基金组织的“数据公布通用系统”（简称GGDS），应该按照GGDS所建议的政府财政统计分类方法来设定预算科目。这样，一方面有利于细化预算编制和强化预算约束，另一方面也有利于规范预算科目和国际比较研究。第五，预算科目的设定要广泛吸收社会各界的意见。它不能成为政府预算管理部门少数人说了算的事情，至少应该吸收专家的意见，听听人大代表或政协委员等的看法，以求得更好的修改意见。（2）试编多年滚动预算。目前，我国虽有5年一编的中长期计划，但与年度预算编制有直接联系的主要是当年计划，这就使我国的预算缺少前瞻性，不利于公众了解政府政策的长期目标和社会经济发展的前景，也不能为政策制定者提供时间跨度更大的信息。西方国家通行的做法是编制滚动式的财政中长期计划，即“滚动预算”，它以报告年度为中心，将年度预算予以前后扩展，对报告年度前后若干年的收支予以反映，以便反映预算收支发展变化的趋势。作为一种技术形式，多年滚动预算在控制预算支出的不合理增长、协调财政计划与国民经济计划方面具有一定的积极作用。我国中长期预算应增加一些灵活性。在引入的步骤上，可以采取先易后难的策略。即开始是，可以编制比较粗略的、预测功能较强、约束功能较弱的多年预算，随着条件的逐步成熟，再向比较规范的、预测功能和约束功能并重的多年滚动预算过渡。