公立医院企业所得税管理问题探讨

戴笑韫　王振宇　申屠新飞　陈垂雄

作者简介：戴笑韫，温州市人民医院，正高级会计师，国家卫生健康行业经济管理领军人才；王振宇，温州医科大学附属第一医院，正高级会计师，国家卫生健康行业经济管理领军人才；申屠新飞，温州职业技术学院教授；陈垂雄，平阳县人民医院总会计师，高级会计师，通讯作者。

摘要：公立医院因兼具非营利属性与部分应税业务，在企业所得税管理中面临复杂挑战。本文分析了其几个涉税问题：在纳税主体认定上，其虽属事业单位但法律上明确了其纳税主体地位；应税收入界定需区分财政拨款、医疗服务收入等性质；成本费用扣除存在公益性成本分摊、折旧差异等难点；税收减免政策适用因资质认定程序复杂引发争议。建议从健全法规框架、加强财税处理、提升业务能力等方面优化管理，以平衡公益性与税务合规性，完善公立医院财务管理。

关键词：公立医院；企业所得税；涉税问题；会计处理；管理建议

中图分类号：F812.42；R197.32　文献标志码：A　文章编号：1003-286X（2025）18-0050-03

公立医院作为特殊的经济实体，具有经营规模大、资金流动环节繁杂、经济活动多样的特点，其运营模式涵盖商业性活动与公益服务功能。近年来，随着医疗体制改革的持续推进，公立医院的运营环境发生改变，部分业务产生应税收入，涉及企业所得税缴纳问题。然而，公立医院的非营利性质与现行税法规定存在一定冲突，其收入和成本费用的确认方式与税法要求也存在较大差异，致使其涉税问题变得错综复杂。本文将通过探讨公立医院在企业所得税方面面临的涉税问题，为公立医院财务管理提供有益的参考与建议。

一、公立医院企业所得税涉税问题

（一）纳税主体认定问题

公立医院属于事业单位，传统上被认定为非营利组织，但部分公立医院通过经营活动取得的收入是否应缴纳企业所得税引发了广泛争议，主要存在以下两种不同的认知视角。

第一种认知的核心支撑在于公立医疗机构的事业单位属性。持此观点者认为，公立医院作为政府主导的公益性服务机构，其法人性质与企业存在本质差异，故不应承担企业所得税义务。然而，这种理解与现行税收法规存在一定偏差。企业所得税法第一条规定，境内取得收入的各类组织（统称企业）均构成法定纳税人。企业所得税法实施条例（以下简称实施条例）第三条进一步阐释，依法设立的法人实体包含依照行政法规设立的事业单位等非企业机构。由此可见，具有稳定收入来源的公立医疗机构，在法律层面已被明确纳入企业所得税纳税主体范畴。

第二种认知体系聚焦收入性质差异。《财政部　国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》（财税[2000]42号，以下简称42号文）第一条规定：“对非营利性医疗机构按照国家规定的价格取得的医疗服务收入，免征各项税收。不按照国家规定价格取得的医疗服务收入不得享受这项政策。”在这一政策框架下，合规定价的诊疗服务收入享受免税待遇，但《财政部　国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税[2008]1号）对医疗行业税收政策作出重大调整，特别指出终止执行既往的免税条款。这意味着无论收入来源是否具有医疗属性，公立医院均需按照统一标准履行纳税义务。政策变迁实质上重构了医疗机构的税收逻辑体系，将事业单位完全纳入企业所得税征管范围。

近年来我国对于公立医院的税收政策并未有重大调整。根据企业所得税法及其实施条例，公立医院作为非营利性医疗机构，其从事非营利性活动取得的收入免征企业所得税，而从事营利性活动取得的收入则应依法缴纳企业所得税。根据《财政部　国家税务总局关于非营利组织企业所得税免税收入问题的通知》（财税[2009]122号，以下简称122号文）及《财政部　税务总局关于非营利组织免税资格认定管理有关问题的通知》（财税[2018]13号，以下简称13号文）要求，非营利性医疗机构需满足特定条件并经过认定，才能享受相应的税收优惠政策。

基于上述政策，公立医院应属于企业所得税的纳税主体，其应税收入按税法规定应申报并缴纳企业所得税。同时，公立医院在享受税收优惠政策时，需严格遵守相关法律法规，确保其非营利性活动的合法性和合规性。

（二）应税收入界定问题

界定公立医疗机构的应税收入范围需结合相关法规进行综合分析。企业所得税法第七条规定，具有财政属性的特定资金可享受税收豁免，如由国家财政部门划拨的专项补助款项、依法纳入预算管理的行政事业性收费项目以及国务院特别认定的非税收入类别均不属于应纳税所得范畴。对于非营利性组织而言，122号文进一步明确其免税待遇的适用情形：受赠财产形成的收益及非财政渠道的政府补助款项可予免税，但经营性收入（如其他收入）通常不在免税范围内，需缴纳企业所得税。

对于某项应税收入为跨期的，即持续时间超过12个月的，实施条例规定“按照纳税年度内完工进度或者完成的工作量确认收入的实现”。因此，公立医院在申报企业所得税时要进行纳税调整。

（三）成本费用扣除问题

在公立医院企业所得税管理中，成本费用的扣除问题具有重要性和复杂性。首先，公立医院的成本费用如何扣除，尤其是如何合理分摊与征税收入和不征税收入相关的成本费用，在实际操作中仍需进一步明确和规范。依据税法相关规定，公立医院的应税收入对应的成本费用应按照收入成本配比原则进行分摊核算。然而，由于公立医院承担了大量的公益性职能，部分成本费用（如人员经费、折旧费用等）难以准确核算，这在实际操作中增加了税务处理的难度。依据税法相关规定，职工福利费支出在不超过工资薪金总额14%的范围内准予扣除；业务招待费支出则按照发生额的60%扣除，但最高不得超过当年销售（营业）收入的5‰。这些规定要求公立医院在申报纳税时，必须对相关费用进行相应的调整，以确保扣除金额符合税法要求。进一步分析，公立医院的成本费用扣除问题涉及以下方面：

1．公益性成本（非应税成本）的分摊问题。公立医院在提供公益性服务过程中产生的成本（如免费诊疗、公共卫生服务等）往往难以量化，如公立医院援派医务人员赴疫区执行医疗救治任务，其发生的人员成本也统入医院总人员费用中，无法准确区分应税业务应负担的成本，这部分成本如何在应税收入和非应税收入之间合理分摊，需要制定明确的政策指引。

2．固定资产折旧的特殊性。公立医院的固定资产（如医疗设备、建筑物等）折旧费用的核算需考虑其使用性质。对于既用于应税收入又用于非应税收入的固定资产，其折旧费用应按使用比例进行分摊。此外，税法与会计上公立医院资产折旧年限也存在差异，主要表现为：《政府会计准则第3号——固定资产》中关于医疗设备（机械类）的折旧年限为5～10年，与税法上的其他设备10年的折旧年限差异较大。现行税法针对固定资产的折旧计提时点存在特殊规定：企业在资产投入实际使用后的次月开始计提折旧，对于退出使用的资产需延续至次月终止计提折旧。而政府会计准则及其应用指南则强调：会计主体应在取得资产的当月开始计提折旧，当资产发生减少时则于当月终止折旧处理。公立医院由于资产数量多、范围广、渠道多，折旧的纳税调整给会计人员带来较大的核算工作量。

3．财政专项资金的税务处理。公立医院收到的财政专项资金（如科研项目拨款、基建拨款等）及其对应的支出，需严格按照税法规定进行区分，避免因税务处理不当而引发风险。

（1）研发支出的税务处理。公立医院的研发支出等科研成本大部分费用化处理，计入科教项目支出或按费用性质计入各项业务费用中。但税法对研发支出要实行加计扣除，实施条例第九十五条规定，“企业所得税法第三十条第(一)项所称研究开发费用的加计扣除，是指企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定据实扣除的基础上，按照研究开发费用的50%加计扣除；形成无形资产的，按照无形资产成本的150%摊销。”这就需要在日常核算时注明是否为研发支出，可通过项目辅助核算进行。

（2）不征税收入形成的成本费用处理。实施条例第二十八条明确规定，企业的不征税收入用于支出所形成的费用或财产，不得在计算应纳税所得额时扣除，也不得计算对应的折旧或摊销扣除。这意味着，公立医院通过财政拨款等不征税收入形成的成本费用（如财政拨款用于购置设备或支付人员工资等）不能在税前扣除。因此，财政拨款等不征税收入及其对应的支出在税务处理中应予以排除，即不征税收入和等额的支出均不纳入税务核算范围。

（四）税收减免政策适用争议

当前存在部分公立医疗机构虽在法律上登记为非营利性质，但其实际经营模式呈现市场化特征的情况，由此引发政策适用性的讨论。依据企业所得税法第二十六条规定，符合条件的非营利机构取得特定收入可免除所得税义务，但需注意其营利性经营活动仍需依法缴纳企业所得税。结合公立医疗机构的业务性质认定，医疗服务收入通常被划归非营利性业务范畴，因而具备所得税豁免的法定基础。

实践层面的执行差异值得关注，部分公立医疗机构没有按照规定程序完成免税资质申报流程，而是直接把全部医疗服务收入当作免税项目来处理，不开展规范的税务申报，也不履行审核程序。这种操作模式实际上与现行税收征管法规存在合规性冲突，可能会引发潜在的税务风险。究其缘由，有公立医疗机构对政策理解存在偏差的原因，也有行政监管衔接方面的实务操作难题，亟需借助完善资格认定机制以及加强政策宣传来解决。

二、公立医院企业所得税管理建议

（一）健全公立医院企业所得税政策体系

首先，构建公立医院所得税政策体系的要务在于从法律层面精准锚定其非营利性属性。依据42号文规定，公立医院被明确归类为非营利性质实体。但实际操作中，公立医疗机构需通过复杂行政程序完成资质认定后，方能获得相应税收豁免资格。这种制度设计客观上提高了公立医院享受法定优惠待遇的门槛。其次，系统梳理税收优惠适用标准。根据122号文规定，目前公立医疗机构仅能援引第5项条件（财政部、国家税务总局规定的其他收入）主张税收减免，这种模糊性规定导致政策执行存在较大操作障碍。为适应医疗体制改革深化要求，建议在立法层面确认公立医疗机构的非营利法定地位，同时将医疗机构提供基本医疗服务所得明确列为非应税项目，从而构建科学合理的医疗行业税收制度。

（二）优化公立医院内部企业所得税财税处理

1．准确核算收入与成本费用。公立医院经济活动呈现业务类型多元、资金流向复杂等特征，尤其在应税收入确认与成本费用归集环节核算复杂程度较高。公立医院应建立健全财务制度及具体核算准则，以准确核算收入、成本和费用，遵循新会计法对会计信息质量真实性、完整性的要求并加以规范。

2．建议增加使用加速折旧法。公立医院的固定资产尤其是大型医疗设备及信息设备由于技术迭代快速，加速折旧法更符合某些资产在使用初期效率高、后期效率低的特点。通过前期多提折旧，能够更准确地反映资产的实际使用情况和成本消耗，尤其对于大型医疗设备，因其价值较高、使用初期效率较高，采用加速折旧法可以更快回收成本。建议按实施条例规定，针对技术迭代加速、市场更新周期缩短的固定资产可采用加速摊销方式调整资产折旧周期。通过在前阶段提升折旧计提比例，有效冲减公立医院当期应税所得额，进而实现运营初期税务支出压力的阶梯式缓释。虽然后期折旧费用减少，所得税负担增加，但从时间价值的角度看，公立医院获得了延迟纳税的好处，改善了现金流。

3．建议增加递延所得税核算。作为企业所得税会计处理的核心环节，递延所得税核算旨在消除税会处理差异导致的财务信息偏差。从会计处理维度，该机制通过确认暂时性差异的跨期影响，确保资产负债表真实反映医院权益价值；从税务管理视角，其通过预提未来可转回的税务影响，使财务报表更精确地呈现实际税负水平。公立医院涉税业务的会计核算应与企业接轨，增加递延所得税核算，其确认符合会计准则的权责发生制原则，确保收入与费用的匹配，提升财务透明度，同时反映未来期间的税务影响，使财务报表更真实地反映财务状况，提高准确性，以保障医院的未来权益。

（三）提高会计人员处理企业所得税业务的能力

1．加强专业知识培训。邀请税务专家以及会计师事务所专业人员举办企业所得税政策解读与实务操作培训。鉴于公立医院的特殊性，着重培训政府会计制度和企业所得税法之间的差异、纳税调整方法等内容。激励会计人员参与注册会计师、税务师等职业资格考试，以提升专业水准；定期组织内部学习会，分享企业所得税处理过程中的典型案例及难点问题；设立学习小组，针对复杂业务展开专题研讨。

2．加强信息化建设，增加大数据技术应用。运用专业的税务管理软件，可自动对应纳税所得额、纳税调整金额等进行计算，以此减少人为失误，实现税务数据和财务数据的无缝衔接，提升工作效率；升级财务信息系统，增加企业所得税处理模块，以此支持自动生成纳税申报表及相关报表；借助大数据分析技术，识别税务处理中的异常状况，及时予以调整。

3．参与行业交流，提升实操能力。积极参与行业协会举办的税务研讨会，从中了解同行的经验及做法。

责任编辑　李斐然