经费包干结余额，是反映全额单位预算执行结果的主要经济指标，但应如何计算，单位会计制度没有明确规定。在1988年10月财经出版社出版的《预算会计新编》一书和1989年10月出版的《预算会计》（修订本）教材中其公式为：

我们认为这个公式有以下几个问题需要研究。一是该公式与经费包干结余的定义不相符。经费包干结余定义明确指出，它是全额单位在完成预算任务前提下而结余的预算经费，即年末没有消耗掉的预算经费。不仅包括银行存款帐户的年末余额，还包括年末库存的材料物资、现金和暂付款项等银行支取未报数。而按照这个公式计算，经费包干结余就不包括银行支取未报数了。因为银行支取未报数已包括在银行支出数的金额内被核销了。所以，这个公式规定的经济业务内容、经济关系与经费包干结余定义所规定的业务实质不相符按此公式计算的结余额与实际结余额不一致，小于实际的结余额。二是不能按该公式规定的业务内容运用复式记帐原理处理帐务。按该公式反映的以当年预算包干经费部分的银行支出数冲销当年包干经费拨入数，考核单位包干预算的执行结果的经济业务内容，运用复式记帐原理处理帐务，“经费支出”科目将出现收方余额。因为根据银行支出数编的收记“经费支出”，付记“拨入经费”的会计分录登记入帐后，“经费支出”科目收方出现与“银行支取未报数”相等的余额。这是由于这个公式将单位年终的“银行支取未报数”所包含的结余资金，也作为实际消耗的资金给核销造成的。显然，这是不应当的。

当然，单位会计年终考核包干预算执行结果（即用经费支出冲销拨入经费）的业务是按实际支出数计算的。这个事实本身，恰好说明了这个公式是不能用来计算单位包干经费结余额的。因为，任何正确反映资金运动的经济指标，在处理帐务的范围内，都应当能按经济指标揭示的经济内容，直接处理帐务，并能准确反映资金运动的来笼去脉。据此，我们认为经费包干结余应当是包干部分预算指标减去包干预算经费实际支出数的差额，其公式为：