财政部颁发的《事业行政单位预算会计制度》规定：“专项资金是指由财政机关、上级单位拨入的指定用途、专款专用、单独核算的资金”，还规定：“全额单位收到同级财政或上级拨来的事业行政经费以外的专项资金拨款，……用本科目（指‘拨入专项资金’）核算”。这些规定基本上解决了专项资金核算的需要。但在实际执行中，由于对“事业行政经费以外”的理解不一，因此对专项资金的范围也就难以掌握，随意性很大，凡是财政机关和上级单位认为需要进行专项管理的，几乎都可以成为专项资金。

在全额预算管理单位中，预算内外资金是分别核算的，专项资金在其他资金部分，与预算外资金混合核算，而不少专项资金却来自预算内，这个矛盾如何处理就不明确了。制度只规定了单位在收到财政或上级单位拨入专项资金以后的六项会计处理方法，并没有解决预算内转预算外的核算问题。也未解决初始拨出单位在拨出时的核算问题。

为了完善专项资金的核算，本人认为：一、要分清渠道，预算内外分别核算；二、初始拨出单位在拨款时，除符合报销口径者外，均不得列支。为此，建议将原规定放在其他资金部分的“拨入专项资金”、“拨出专项资金”和“专项资金支出”三个科目，同时适用于预算资金部分，用作预算内时，在科目后面可加注（预算内）字样，用作预算外时则注明（预算外）字样，现以预算资金为例，说明其用法：

①当财政机关或上级单位拨入时，收记“拨入专项资金”（预算内），收记“经费存款”。

②当初始单位拨出或转拨财政、上级单位拨来的专项资金时，均作：付记“拨出专项资金”（预算内），付记“经费存款”。

③当发生专项支出时，付记“专项资金支出”（预算内），付记“经费存款”。

④年终将本级专项支出转帐时，收记“专项资金支出”（预算内），付记“拨入专项资金”（预算内）。

⑤初始拨出单位年终根据下属单位支出转帐时，收记“拨出专项资金”（预算内），付记“拨入经费”。

⑥非初始拨出单位（即将财政或上级拨来的专项资金再转拨给下级的）年终根据下属单位支出转帐时，收记“拨出专项资金”（预算内），付记“拨入专项资金（预算内）。

用于预算外专项资金核算时，以此类推。这样做将会有效地防止“以拨作支”和化预算内为预算外等弊端病。