当前，试行的新型农村合作医疗，由于制度设计上的缺陷正面临许多挑战，如果不加重视，势必削弱这项制度的保障效力甚至导致政策目标的偏离。这些制度缺陷及面临的挑战主要包括：

1.以大病为主的医疗保障政策值得再推敲。新型合作医疗立足于基于大数概率的大病保险，政策方向以大病为主，即政府补助的人均40元和农民自缴的人均10元，都“主要补助大额医疗费用或住院费用”，但以大病为主的保障制度，不利于建立稳定的筹资机制。由于重大疾病和住院医疗发生几率较小，会降低参保者的收益预期，健康人常常低估参保的重要性，自愿参保者通常是高危人群。这种“选择性加入”和“选择性退出”威胁着筹资的可持续性。同时，保障目标定位为保大病，事实上放弃了对大多数人基本医疗需求的保障责任，也不可能获得良好的投入绩效。在农村的现实生活中，真正影响农村居民整体健康水平的是常见病和多发病。许多农村居民的大病也是因为“小病无钱治而扛成大病”的。从卫生投入绩效看，对大病的干预所获得的健康效果远不如对常见病和多发病的及时干预。此外，大病为主的保障方式还可能造成“小病大医”的道德风险。

2.筹资困难和管理费用过高。每年合作医疗的筹资都需要基层干部挨家挨户地进行，成本相当高。在一些试点地区，为了达到上级规定的参合率，甚至是一个一个谈出来的。同时由于曾经存在诸多以“合作”为名目的乱收费等原因，造成部分农民对乡镇干部上门做工作持逆反心理，加上一些乡镇干部本身素质不高，政策宣传不当，进一步加大了筹资困难。以县为单位集中审核、报销费用，好像统筹层次很低了，但实际情况却是，绝大部分县都有数十万甚至上百万且居住相当分散的农村人口，合作医疗经办机构面对千家万户，居民健康状况差异很大且记录有限，在组织管理能力上凸显窘景，管理成本高，相关费用开支难以落实。

3.逆向补助明显。由于新型农村合作医疗实行政府补贴与自愿参加相结合，医疗费用实行报销制，而且设立了较高的自付率。客观上造成了贫困家庭依然因无力垫付大病的全额医疗费用而放弃求医，虽然医疗救助对部分特困家庭和五保户参加合作医疗予以了补助，但目前受益范围较小，无法普遍照顾到一般贫困家庭，而富人相对更有能力交费，也就更有可能享受政府提供的补贴以及相应的医疗保障，导致逆向转移支付。此外，还存在地区性的逆向补助问题。新型合作医疗制度采取个人缴纳、集体扶持与政府资助相结合的筹资原则，决定了入保者越多，国家财政补贴就越多，合作医疗基金就越雄厚。较富裕的县市，地方政府和农村居民缴费能力较强，开展新型农村合作医疗也就相对较容易，在一些地区甚至出现了以套取中央补助资金为目的的快速推开现象。各省市在启动农村合作医疗试点的时候，为了产生示范带动效应，基本上都是拿出当地经济发展好、财政实力较强的县作为试点地区，这就使得相对富裕的地区先一步和多享受到上级政府的资助。

4.自愿参保机制难逃参保计划逐步萎缩的命运。在改革开放以前的合作医疗制度中，虽然政策也规定农民自愿参加，但鉴于当时强大的行政动员力量和以人民公社为基础的体制，事实上具有强制性，因此大多数农民都得到了保障；在80年代中后期以来恢复和重建合作医疗制度的努力中，仍坚持自愿参加原则，但是自愿参加意向特别低，最终导致重建努力的失败。在当前行政强制力弱化的条件下，农民有了较大的选择权，导致低风险人群参保积极性很低。如果低风险保户（年轻和健康人群）首先退保，那么合作医疗计划就变成高风险者的互保，接下来就可能需要提高筹资标准。然而这又会进一步促使相对低风险保户退保，保险计划开始逐步萎缩，最终可能瓦解，这就是所谓的逆向选择。国际经验表明，由于逆向选择问题，自愿性保险制度几乎都难以持久。因此，工业化国家的基本医疗保险制度一般都是强制性参保的社会保险。

5.新型合作医疗面临费用控制难题。与城镇医疗保障制度一样，新型农村合作医疗制度的设计缺乏农村医疗服务体系改革和费用支付方式改革的同步支撑，以至于不得不突出对患者的约束——在制度设计中引入了城镇职工医疗保险制度的起付线、封顶线、较高的共付比例以及分段按比例报销等做法。这些做法对于维持资金平衡是有益的，但对患者过分严格的约束，特别是过高的患者自付比例必然导致参保积极性的下降。相反，对合作医疗供方行为却明显缺乏有效制度约束。在许多地区，新型农村合作医疗计划与城镇基本医疗保险的运作模式相同或类似，即它们都是被动地报销保户的医疗账单。这种运作模式容易引发医疗供方甚至患者的道德风险，最终导致医疗支出急剧增长。有调查发现，一些定点医疗机构过度用药、不合理治疗检查问题比较突出，次均住院费用和门诊费用上涨较快；处方药物和检查项目超出基本药物目录和规定检查的项目过多，不少费用不在报销之列，增加了农民的费用负担。有农村居民反映，合作医疗买的药贵，虽可报销一部分，但是自己承担的部分并没有切实减少，与在别处买药没有什么差别。在很多地区实行合作医疗后，医疗费用呈现普遍上涨的趋势，患者可报销的部分被上涨的医疗费用抵消了，通过合作医疗来减轻农民医疗负担的目标大打折扣。

6.医疗保险没有照顾到日愈壮大的流动人口。当前我国每年都有一亿左右的农村流动人口，越来越多的农村人口流入城市，这部分人正处在一个医疗保险的真空地带——由于没有正式户籍，他们没有资格参加城市医疗保险，而新型农村合作医疗很可能会要求他们返回原住地去看病，如果他们在务工地就医，那他们就得承担合作医疗只予以报销更少比例甚至不能报销医疗费用的风险。

我国农村的医疗卫生形势依然严峻，政府正在努力为没有保险的近八亿人口提供医疗保障，并明确提出了增加政府投入的责任，新型农村合作医疗体系的试点无论如何都是一个大胆的历史性开端。尽管这项制度还存在这样那样的缺陷或面临很多挑战，特别是在启动之初。未来的挑战更多的是如何解决这些问题，进而不断完善政策。

1.农村医疗保障应建立在公共卫生服务充分提供的基础之上。我国目前还没有能力实现按健康需求进行保障，政府必须把有限的卫生投入优先用于建立和完善农村公共卫生服务体系上，也就是说公共卫生服务的充分提供应优先于医疗保障制度建设。这种安排的意义在于，其一，接种免疫、妇幼保健、健康检查等低成本的公共卫生服务可以有效提高农村人口的健康水平，这是医疗保障制度和公共卫生的共同目标，但单纯的医疗费用保障机制无法有效发挥这种功能；其二，公共卫生服务的充分提供能有效降低各种疾病的发病率，减轻医疗保障制度的资金负担。

2.通过基本医疗服务包，而非保险机制，来重点保障基本医疗。世界上没有哪一个国家能够满足全体国民的所有医疗需求，政府的责任是通过各种方式的筹资，确保国民能普遍获得基本的医疗卫生服务。笔者认为，日常性病症、传染病、妇女生育、地方病、职业病等临床患病率高、对国民整体健康危害较大，是最基本的医疗问题。而重症治疗由于成本高、效果差，对国民整体健康意义不大，因此建议不把它们纳入基本医疗，对于医疗卫生资源十分有限的农村来说，尤应如此。那么，对于基本医疗应该采取什么样的保障形式呢？研究表明，日常性病症等基本医疗问题不具有可保风险之特征，因此不适宜采用医疗保险技术来解决其保障问题。而且，由于我国农民收入还普遍比较低，有相当比例的人口没有参保能力。因此应考虑用政府直接补贴患者或医疗服务机构等非保险模式，即以政府投入为主，向全体公民提供能够对绝大部分常见病、多发病进行控制、以药品和诊疗技术为内容的基本医疗服务包，保障全体公民的基本健康。具体实施方式上，政府确定可以保障公众基本健康的药品和诊疗项目目录，政府组织统一采购确保提供基本医疗服务的医疗机构、基本医疗服务包内药品及服务项目价格。医疗费用的大部分由政府财政承担，但患者也要少量付费，以控制浪费、降低管理成本、防范报销过程中出现医患合谋。

3.大病风险应逐步通过发展商业保险来解决。以基本医疗为农村医疗保障的重点，推行预防为主和采用低成本、高效益医疗技术的方针，有可能保证人人获得基本医疗服务，但却不可能完全防止由大病带来的因病致贫、因病返贫现象的发生。为此可以通过发展商业医疗保险来分散大病风险，当然，在我国大多数农村地区全面推行商业医疗保险的条件还不成熟，但应该是基本方向。随着农民收入的提高，再加上政府给予一定的政策支持，针对大病的商业性保险一定能够在农村地区逐步发展壮大。近年，一些地方的商业保险机构曾尝试参与合作医疗的管理，但由于政策限制（商业机构管理的合作医疗政府不予以资金补助）而难以为继。笔者认为，目前定位于大病统筹的新型农村合作医疗如果能够实现由向商业保险机构管理的转型，同时建立起由政府主导的基本医疗的保障机制，将是一条比较现实的制度转型路径。当然，现实中总会有或多或少的贫困人口无力通过参加保险抵御大病风险。因此政府有责任建立设立医疗救济基金、建立医疗救助制度来扶助这部分贫困人群。但必须强调的是，医疗救助制度是基本医疗保障制度的补充，必须建立在基本医疗保障制基础之上，不然就会陷入社会救助的贫困陷阱。

4.医疗保障应考虑城乡一体化。长期以来，我国的医疗保障制度建设一直是重城市、轻农村，甚至80年代以来大多数农村人口几乎没有任何医疗保障。目前正在试点的新型农村新型合作医疗制度虽然试图改变这种状况，但仍然没有考虑城乡医疗保障制度如何衔接的问题。这不仅是城乡不公平的问题，而且随着城市化进程的推进，这种城乡分治的格局受到了严峻挑战。越来越多的农民流动到了城市里，他们为城市发展做贡献，但却不能被纳入城市医疗保障体系中。同时，农村合作医疗也在制度设计上排斥这部分人的加入。可以预计，在未来的日子里，将有更多的农民离开农村，到城镇工作、生活；同时，由于农村流出人口大多为青壮年，这样留守农村的人口中老弱妇幼的比例会越来越高，这部分人的健康风险相对都比较大，如果还继续实行城乡分割的医疗保障制度，农村就会出现高风险者之间的互保局面，保费水平必然不断推高，农村医保制度将不可能持续。因此，必须打破城乡界限，建立覆盖全民的医疗保障制度，这样不仅可以更好地保障全民健康，实现社会公平，还能促进劳动力流动，推动城市化进程。