2000年会计师事务所脱钩改制时，90%的事务所选择了有限责任组织形式。但是改制后，部分事务所并没有建立相应的治理机制，而是实行家长制领导，并由此引发了内部不同利益体之间的矛盾激化和深层次的管理问题，同时也直接或间接地导致了事务所质量控制制度的失控，影响到整个行业的公信力。笔者认为，改制重在改机制，只有建立有效的法人治理机制，约束货币资本、人力资本、投入者以及其他各利益相关者的行为，才能解决有限责任会计师事务所内部管理出现的诸多问题。

首先，财政部门和行业协会应从完善注册会计师行业管理制度入手，解决管理制度不协调、不配套、不具体的问题。在这点上应借鉴证监会的作法。1997年为规范上市公司的法人治理结构和内部管理运作机制，证监会发布了《上市公司章程指引》，2002年又发布了《上市公司治理准则》，并且根据实际操作中发现的问题，修订、补充了很多保证、督促和检查条款，这些政策措施对上市公司治理结构的完善起到了很大作用。因此，财政部门也应根据会计师事务所的特点和目前出现的问题，尽快制定《会计师事务所章程指引》和《会计师事务所治理准则》。行业协会则要指导事务所切实执行这些《指引》和《准则》，并适时修订《会计师事务所内部治理机制建设指导意见》，使其更具可操作性。

其次，事务所必须建立各项内部管理制度，落实好管理分配机制。一是要按《公司法》的要求，完善法人治理结构，建立股东（出资人）会、董事会和监事会。章程中有关股东的条件、权利和义务等条款都要依现行法律法规加以明确，以便于操作。事务所必须尽快从原来的行政管理模式向民主管理模式转变，董事长（主任会计师）要在章程的许可范围内行使职权，重大问题要经过一定的程序讨论后民主决策。股东大会要定期召开，董事会和监事会要真正履行职责，届满时必须按章程换届，以促进事务所健康有序运转。二是要根据《章程》制定各项内控制度。在行政管理方面，要有各项例会的运作程序、会议表决办法、内部机构的设置、职责权限的划分与控制措施、法人代表授权及其他合伙人的分工办法等；在财务管理方面，要有财务制度、内部分配制度、会计核算办法等；在人事管理方面，要有人员招聘、考核、晋升、辞退制度；在业务管理方面，要有业务承接办法、项目调配、业务督导、执业标准、质量控制与业务报告流转等制度与办法；在执业形象方面，要有职业道德、专业形象设计、服务标准等方面的规定。三是要制定合理的利益分配办法。由于资本、技术、管理、劳动等要素本身并不是直接参与分配的主体，参与分配的主体是要素的所有者，即出资人、非出资人的执业注册会计师、其他专业资格的人员和从业人员，因此，有效的分配机制不仅应能够恰当地分析和衡量各个要素的贡献并尽可能地予以量化，而且应通过工资、奖金、劳动分红和资本分红等各种方式落实到各个分配主体。合理的利益分配办法要真正调动各方积极性，就必须解决好出资人与一般从业人员的分配矛盾，处理好公平与效率、开拓业务与完成业务的关系。目前，不少事务所将个人收入与完成的项目数量及项目收入直接挂钩。这种方法在短期内有激励作用，但最大的隐患在于可能导致业务质量下降，严重的可能导致审计失败。有的事务所在分配办法中将业务收入的相当部分给予开拓业务的员工，使完成业务与开拓业务的分配完全不可比，这样容易挫伤业务人员尤其是高素质业务人员的积极性，其负面影响也不可低估。

会计师事务所运行机制的建立涉及面广而复杂，如果我们满足于完成脱钩改制，而忽视事务所健康运行机制的建立，将严重影响注册会计师行业的规范发展，这个问题必须引起高度重视。