1998年初，全国预算会计研究会结合财政中心工作，组织了“贯彻新的预算会计制度研究”、“完善分税制研究”和“国库改革研究”3个课题组。“贯彻新预算会计制度研究”课题组主要是对各地区、各部门在学习和执行新预算会计制度过程中提出的一些疑难问题，进行研讨，对新形势下出现的一些新事物、新问题的会计核算方法，提出具体可操作的建议；针对执行新制度中的疑难问题，分预算会计理论、方法及相关衔接问题，财政总预算会计制度问题，事业单位会计制度问题，行政单位会计制度问题等4个部分汇编了23万字的《新预算会计制度问题释疑》一书，对贯彻新制度和提高预算管理水平起了积极的作用；对预算会计制度改革进行总结，并对进一步完善和深化预算会计制度改革提出了建议。“完善分税制研究”课题组针对重点课题，在广泛调研的基础上，写出了分税制改革运行情况、问题及完善意见的调查报告。同时对“改革财政支出管理”、“费改税问题”、“政府采购制度”、“规范转移支付制度”以及国家对少数民族自治区财政政策的分析与建议等题目作了认真调查，写出了一批有情况、有问题、有分析、有建议的研究报告。如江苏省财政厅姜其温撰写了关于控制财政支出的《规范、优化、高效、节约》的调查报告，山东省财政厅王云芳组织编写了《加快费改税的步伐，完善分税制财政体制》的研究报告。这些研究成果都具有一定的理论价值和实用价值，其中有些文章已报送部门领导参考，有些在第4次理论研讨会上进行了交流。“国库改革研究”课题组围绕金融体制改革进行了大量调查研究工作，并于7月召开了小型研讨会。会后写出了《关于国库管理工作现状、问题和改进的建议》的研究报告，并报送财政部预算司领导参考。在部分省人民银行分行撤销后，该组又及时研究对策，提出了“抓住机遇，完善国库管理机构的建议”，提交业务主管部门参考。