1999年,根据铁道部《关于清理铁路全国性社团的通知》要求,中国铁道会计学会挂靠关系改在铁道部资金清算中心,其人事、行政事务、后勤等由清算中心负责。学会积极组织财会干部培训工作。组织全路财会领导干部高级研讨班2期,邀请国内专家及综合部门领导介绍当前财经、金融、物价形势,国民经济发展趋势,会计准则等会计法规。分局以上单位的总会计师、总经济师,分管财务工作的领导及财务处、各工程局和工厂以及直属单位的财务负责人共200人参加了学习。与部清算中心共同组织全路会计电算化中级培训及鉴定工作。举办培训班21期,参加培训和鉴定的财会人员1850人,1318人通过考试,通过率70.9%。与部财务司共同组织全路会计证统一考试,全路2401人参加考试,合格率72.3%。组织全路各级财会学会进行会计专业知识培训,培训财会人员56103人。
1999年,学会会刊《铁道财会》改为月刊,全年出版正刊7期,专刊10期。《财会信息交流》简报全年发行24期。学会重视科研课题研究。全年完成部级课题2个,即上海铁路局财会学会《运输企业分线经营效益的研究》、中国铁路工程总公司财会学会等4个单位学会《铁路资产经营责任制和现代施工企业财务有关问题的研究》;完成基金课题3个,即北京铁路局财会学会《铁路财会人员考务工作综合管理软件开发》、中国铁道建筑总公司财会学会《施工企业责任成本软件开发》、乌鲁木齐铁路局《机车车辆互换配件管理与核算体制改革的研究》。部级课题《关于出资者财务管理的研究》由财务司有关专家和实务工作者进行研究。1999年,全路各级学会组织财会科研课题77项,同时,继续编写《施工企业财务管理丛书》中《施工企业财务分析》和《施工企业会计实务操作手册》两个分册。学会组织的优秀论文评审,共收到论文65篇,评出24篇入选论文。全路各级学会组织各种形式的论文报告会19次。为普及珠心算技术,学会举办珠心算师资进修班4期,培训400人。组织珠算技术等级鉴定人次较1998年增加2500人次。举办全路运输企业珠算技术友谊赛,12个铁路局(郑州、柳州两局未参加)、36名选手参赛。